code_ruby/test/maasha/seq/test_digest.rb

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2 $:.unshift File.join(File.dirname(__FILE__), '..', '..', '..')
   3
   4 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
   5
   6 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   7 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   8 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   9 # of the License, or (at your option) any later version.
  10
  11 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  12 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  14 # GNU General Public License for more details.
  15
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  17 # along with this program; if not, write to the Free Software
  18 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  19
  20 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # This software is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28 require 'maasha/seq'
  29 require 'test/unit'
  30 require 'test/helper'
  31
  32 class TestDigest < Test::Unit::TestCase
  33   test "#each_digest raises on bad pattern residue" do
  34     entry = Seq.new
  35     assert_raise(DigestError) { entry.each_digest("X", 4) }
  36   end
  37
  38   test "#each_digest dont raise on ok pattern residue" do
  39     entry = Seq.new(seq: "atcg")
  40     assert_nothing_raised { entry.each_digest("AGCUTRYWSMKHDVBNagcutrywsmkhdvbn", 4) }
  41   end
  42
  43   test "#each_digest with no match returns correctly" do
  44     entry = Seq.new(seq: "aaaaaaaaaaa")
  45     assert_equal(entry.seq, entry.each_digest("CGCG", 1).first.seq)
  46   end
  47
  48   test "#each_digest with matches returns correctly" do
  49     entry = Seq.new(seq: "TTTTaaaaTTTTbbbbTTTT")
  50     seqs  = entry.each_digest("TTNT", 1)
  51     assert_equal("T", seqs[0].seq)
  52     assert_equal("TTTaaaaT", seqs[1].seq)
  53     assert_equal("TTTbbbbT", seqs[2].seq)
  54     assert_equal("TTT",      seqs[3].seq)
  55   end
  56 end
  57
  58
  59 __END__