code_ruby/test/maasha/seq/test_backtrack.rb

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2 $:.unshift File.join(File.dirname(__FILE__), '..', '..', '..')
   3
   4 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
   5
   6 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   7 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   8 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   9 # of the License, or (at your option) any later version.
  10
  11 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  12 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  14 # GNU General Public License for more details.
  15
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  17 # along with this program; if not, write to the Free Software
  18 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  19
  20 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # This software is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28 require 'test/unit'
  29 require 'test/helper'
  30 require 'maasha/seq'
  31
  32 class BackTrackTest < Test::Unit::TestCase
  33   def setup
  34     #                    0         1
  35     #                    01234567890123456789
  36     @seq = Seq.new(seq: "tacgatgctagcatgcacgg")
  37     @seq.extend(BackTrack)
  38   end
  39
  40   test "#patscan with bad pattern raises" do
  41     ["", "X", "1"].each { |pattern|
  42       assert_raise(BackTrackError) { @seq.patscan(pattern) }
  43     }
  44   end
  45
  46   test "#patscan with OK pattern dont raise" do
  47     ["N", "atcg"].each { |pattern|
  48       assert_nothing_raised { @seq.patscan(pattern) }
  49     }
  50   end
  51
  52   test "#patscan with bad start raises" do
  53     [-1, 20].each { |start|
  54       assert_raise(BackTrackError) { @seq.patscan("N", start) }
  55     }
  56   end
  57
  58   test "#patscan with OK start dont raise" do
  59     [0, 19].each { |start|
  60       assert_nothing_raised { @seq.patscan("N", start) }
  61     }
  62   end
  63
  64   test "#patscan with bad stop raises" do
  65     [-1, 20].each { |stop|
  66       assert_raise(BackTrackError) { @seq.patscan("N", [0, stop]) }
  67     }
  68   end
  69
  70   test "#patscan with OK stop dont raise" do
  71     [0, 19].each { |stop|
  72       assert_nothing_raised { @seq.patscan("N", [0, stop]) }
  73     }
  74   end
  75
  76   test "#patscan with stop returns correctly" do
  77     assert_nil(@seq.patmatch("G", [0, 2]))
  78     assert_equal("3:1:g", @seq.patmatch("G", [0, 3]).to_s)
  79   end
  80
  81   test "#patscan with bad mis raises" do
  82     [-1, 6].each { |mis|
  83       assert_raise(BackTrackError) { @seq.patscan("N", 0, mis) }
  84     }
  85   end
  86
  87   test "#patscan with OK mis dont raise" do
  88     [0, 5].each { |mis|
  89       assert_nothing_raised { @seq.patscan("N", 0, mis) }
  90     }
  91   end
  92
  93   test "#patscan with bad ins raises" do
  94     [-1, 6].each { |ins|
  95       assert_raise(BackTrackError) { @seq.patscan("N", 0, 0, ins) }
  96     }
  97   end
  98
  99   test "#patscan with OK ins dont raise" do
 100     [0, 5].each { |ins|
 101       assert_nothing_raised { @seq.patscan("N", 0, 0, ins) }
 102     }
 103   end
 104
 105   test "#patscan with bad del raises" do
 106     [-1, 6].each { |del|
 107       assert_raise(BackTrackError) { @seq.patscan("N", 0, 0, 0, del) }
 108     }
 109   end
 110
 111   test "#patscan with OK del dont raise" do
 112     [0, 5].each { |del|
 113       assert_nothing_raised { @seq.patscan("N", 0, 0, 0, del) }
 114     }
 115   end
 116
 117   test "#patscan perfect left is ok" do
 118     assert_equal("0:7:tacgatg", @seq.patscan("TACGATG").first.to_s)
 119   end
 120
 121   test "#patscan perfect right is ok" do
 122     assert_equal("13:7:tgcacgg", @seq.patscan("TGCACGG").first.to_s)
 123   end
 124
 125   test "#patscan ambiguity is ok" do
 126     assert_equal("13:7:tgcacgg", @seq.patscan("TGCACNN").first.to_s)
 127   end
 128
 129   test "#patscan start is ok" do
 130     assert_equal("10:1:g", @seq.patscan("N", 10).first.to_s)
 131     assert_equal("19:1:g", @seq.patscan("N", 10).last.to_s)
 132   end
 133
 134   test "#patscan mis left is ok" do
 135     assert_equal("0:7:tacgatg", @seq.patscan("Aacgatg", 0, 1).first.to_s)
 136   end
 137
 138   test "#patscan mis right is ok" do
 139     assert_equal("13:7:tgcacgg", @seq.patscan("tgcacgA", 0, 1).first.to_s)
 140   end
 141
 142   test "#patscan ins left is ok" do
 143     assert_equal("0:7:tacgatg", @seq.patscan("Atacgatg", 0, 0, 1).first.to_s)
 144   end
 145
 146   test "#patscan ins right is ok" do
 147     assert_equal("13:7:tgcacgg", @seq.patscan("tgcacggA", 0, 0, 1).first.to_s)
 148   end
 149
 150   test "#patscan del left is ok" do
 151     assert_equal("0:7:tacgatg", @seq.patscan("acgatg", 0, 0, 0, 1).first.to_s)
 152   end
 153
 154   test "#patscan del right is ok" do
 155     assert_equal("12:8:atgcacgg", @seq.patscan("tgcacgg", 0, 0, 0, 1).first.to_s)
 156   end
 157
 158   test "#patscan ambiguity mis ins del all ok" do
 159     assert_equal("0:20:tacgatgctagcatgcacgg", @seq.patscan("tacatgcNagGatgcCacgg", 0, 1, 1, 1).first.to_s)
 160   end
 161 end
 162