code_ruby/test/maasha/align/test_match.rb

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2 $:.unshift File.join(File.dirname(__FILE__), '..', '..', '..')
   3
   4 # Copyright (C) 2013 Martin A. Hansen.
   5
   6 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   7 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   8 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   9 # of the License, or (at your option) any later version.
  10
  11 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  12 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  14 # GNU General Public License for more details.
  15
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  17 # along with this program; if not, write to the Free Software
  18 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  19
  20 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # This software is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28 require 'test/unit'
  29 require 'test/helper'
  30 require 'maasha/align/match'
  31
  32 class MatchTest < Test::Unit::TestCase
  33   def setup
  34     @match = Match.new(1, 1, 3)
  35   end
  36
  37   test "#q_end returns correctly" do
  38     assert_equal(3, @match.q_end)
  39   end
  40
  41   test "#s_end returns correctly" do
  42     assert_equal(3, @match.s_end)
  43   end
  44
  45   test "#to_s returns correctly" do
  46     assert_equal("q: 1 3 s: 1 3 l: 3 s: 0.0",     @match.to_s)
  47     assert_equal("q: 1 3 s: 1 3 l: 3 s: 0.0 tcg", @match.to_s("atcg"))
  48   end
  49
  50   test "#expand to left end returns correctly" do
  51     assert_equal("q: 0 3 s: 0 3 l: 4 s: 0.0", @match.expand("atcg", "atcg", 0, 0, 3, 3).to_s)
  52   end
  53
  54   test "#expand to left mismatch returns correctly" do
  55     assert_equal("q: 1 3 s: 1 3 l: 3 s: 0.0", @match.expand("gtcg", "atcg", 0, 0, 3, 3).to_s)
  56   end
  57
  58   test "#expand to left space beg returns correctly" do
  59     assert_equal("q: 1 3 s: 1 3 l: 3 s: 0.0", @match.expand("atcg", "atcg", 1, 1, 3, 3).to_s)
  60   end
  61
  62   test "#expand to right end returns correctly" do
  63     assert_equal("q: 0 4 s: 0 4 l: 5 s: 0.0", @match.expand("atcga", "atcga", 0, 0, 4, 4).to_s)
  64   end
  65
  66   test "#expand to right mismatch returns correctly" do
  67     assert_equal("q: 1 3 s: 1 3 l: 3 s: 0.0", @match.expand("gtcga", "atcgg", 0, 0, 4, 4).to_s)
  68   end
  69
  70   test "#expand to right space end returns correctly" do
  71     assert_equal("q: 1 3 s: 1 3 l: 3 s: 0.0", @match.expand("atcga", "atcga", 1, 1, 3, 3).to_s)
  72   end
  73 end
  74