code_ruby/lib/maasha/table.rb

   1 # Copyright (C) 2013 Martin A. Hansen.
   2
   3 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   4 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   5 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   6 # of the License, or (at your option) any later version.
   7
   8 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
   9 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  11 # GNU General Public License for more details.
  12
  13 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  14 # along with this program; if not, write to the Free Software
  15 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  16
  17 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  18
  19 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  20
  21 # This software is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  22
  23 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  24
  25 require 'maasha/filesys'
  26
  27 # Error class for all exceptions to do with Table.
  28 class TableError < StandardError; end
  29
  30 class Table
  31   def initialize(options = {})
  32     @options = options
  33     @header  = []
  34     @table   = []
  35
  36     table_parse if @options[:file_in]
  37   end
  38
  39   def rows
  40     @table.size
  41   end
  42
  43   def columns
  44     @table.first.size
  45   end
  46
  47   def each_row
  48     @table.each do |row|
  49       yield row
  50     end
  51
  52     self
  53   end
  54
  55   def each_column
  56     @table.first.each_with_index do |key, i|
  57       column = []
  58       column << @header[i] unless @header.empty?
  59
  60       self.each_row { |r| column << r[i] }
  61
  62       yield column
  63     end
  64
  65     self
  66   end
  67
  68   def to_s
  69     lines = []
  70     lines << "#" + @header.join("\t") unless @header.empty?
  71
  72     self.each_row { |r| lines << r.join("\t") }
  73     lines.join("\n")
  74   end
  75
  76   private
  77
  78   def table_parse
  79     File.open(@options[:file_in]) do |ios|
  80       ios.each do |line|
  81         if line[0] == '#'
  82           if @header.empty?
  83             @header = line[1 .. line.size].chomp.split(" ")
  84
  85             uniq = {}
  86
  87             @header.each do |key|
  88               raise TableError, "Duplicate header: #{key}" if uniq[key]
  89               uniq[key] = true
  90             end
  91           end
  92         else
  93           fields = line.chomp.split(" ")
  94
  95           unless @header.empty?
  96             raise TableError, "Bad number of fields: #{fields.size} - expecting: #{@header.size}" unless @header.size == fields.size
  97           end
  98
  99           @table << fields
 100         end
 101       end
 102     end
 103   end
 104 end