code_ruby/lib/maasha/seq/ambiguity.rb

   1 # Copyright (C) 2013 Martin A. Hansen.
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   5 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   6 # of the License, or (at your option) any later version.
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   9 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
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  14 # along with this program; if not, write to the Free Software
  15 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
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  17 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
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  19 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
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  21 # This software is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
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  23 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
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  25 require 'inline'
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  27 module Ambiguity
  28   def add_ambiguity_macro inline_builder
  29     # Macro for matching nucleotides including ambiguity codes.
  30     inline_builder.prefix %{
  31       #define MATCH(A,B) ((bitmap[(int) A] & bitmap[(int) B]) != 0)
  32     }
  33
  34     # Bitmap for matching nucleotides including ambiguity codes.
  35     # For each value bits are set from the left: bit pos 1 for A,
  36     # bit pos 2 for T, bit pos 3 for C, and bit pos 4 for G.
  37     inline_builder.prefix %{
  38       char bitmap[256] = {
  39           0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
  40           0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
  41           0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
  42           0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
  43           0, 1,14, 4,11, 0, 0, 8, 7, 0, 0,10, 0, 5,15, 0,
  44           0, 0, 9,12, 2, 2,13, 3, 0, 6, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
  45           0, 1,14, 4,11, 0, 0, 8, 7, 0, 0,10, 0, 5,15, 0,
  46           0, 0, 9,12, 2, 2,13, 3, 0, 6, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
  47           0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
  48           0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
  49           0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
  50           0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
  51           0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
  52           0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
  53           0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
  54           0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0
  55       };
  56     }
  57   end
  58 end
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