code_ruby/lib/maasha/filesys.rb

   1 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
   2
   3 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   4 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   5 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   6 # of the License, or (at your option) any later version.
   7
   8 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
   9 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  11 # GNU General Public License for more details.
  12
  13 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  14 # along with this program; if not, write to the Free Software
  15 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  16
  17 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  18
  19 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  20
  21 # This software is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  22
  23 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  24
  25 require 'open3'
  26
  27 # Error class for all exceptions to do with Filesys.
  28 class FilesysError < StandardError; end
  29
  30 class Filesys
  31   include Enumerable
  32
  33   # Class method that returns a path to a unique temporary file.
  34   # If no directory is specified reverts to the systems tmp directory.
  35   def self.tmpfile(tmp_dir = ENV["TMPDIR"])
  36     time = Time.now.to_i
  37     user = ENV["USER"]
  38     pid  = $$
  39     path = tmp_dir + [user, time + pid, pid].join("_") + ".tmp"
  40     path
  41   end
  42
  43   def self.open(*args)
  44     file    = args.shift
  45     mode    = args.shift
  46     options = args.shift || {}
  47
  48     if mode == 'w'
  49       case options[:compress]
  50       when :gzip
  51         ios, = Open3.pipeline_w("gzip -f", out: file)
  52       when :bzip, :bzip2
  53         ios, = Open3.pipeline_w("bzip2 -c", out: file)
  54       else
  55         ios = File.open(file, mode, options)
  56       end
  57     else
  58       if file == '-'
  59         ios = STDIN
  60       else
  61         case `file -L #{file}`
  62         when /gzip/
  63           ios = IO.popen("gzip -cd #{file}")
  64         when /bzip/
  65           ios = IO.popen("bzcat #{file}")
  66         else
  67           ios = File.open(file, mode, options)
  68         end
  69       end
  70     end
  71
  72     if block_given?
  73       begin
  74         yield self.new(ios)
  75       ensure
  76         ios.close
  77       end
  78     else
  79       return self.new(ios)
  80     end
  81   end
  82
  83   def initialize(ios)
  84     @io = ios
  85   end
  86
  87   def puts(*args)
  88     @io.puts(*args)
  89   end
  90
  91   def close
  92     @io.close
  93   end
  94
  95   def eof?
  96     @io.eof?
  97   end
  98
  99   # Iterator method for parsing entries.
 100   def each
 101     while entry = get_entry do
 102       yield entry
 103     end
 104   end
 105 end
 106