code_c/Maasha/src/test/test_ucsc.c

   1 #include "common.h"
   2 #include "filesys.h"
   3 #include "list.h"
   4 #include "ucsc.h"
   5
   6 static void test_bed_entry_get();
   7 static void test_bed_entries_get();
   8 static void test_bed_entries_destroy();
   9 static void test_bed_entries_sort();
  10 static void test_bed_file_sort_beg();
  11 static void test_bed_file_sort_strand_beg();
  12 static void test_bed_file_sort_chr_beg();
  13 static void test_bed_file_sort_chr_strand_beg();
  14
  15
  16 int main()
  17 {
  18     fprintf( stderr, "Running all tests for ucsc.c\n" );
  19
  20     test_bed_entry_get();
  21     test_bed_entries_get();
  22     test_bed_entries_destroy();
  23     test_bed_entries_sort();
  24     test_bed_file_sort_beg();
  25     test_bed_file_sort_strand_beg();
  26     test_bed_file_sort_chr_beg();
  27     test_bed_file_sort_chr_strand_beg();
  28
  29     fprintf( stderr, "Done\n\n" );
  30
  31     return EXIT_SUCCESS;
  32 }
  33
  34
  35 void test_bed_entry_get()
  36 {
  37     fprintf( stderr, "   Testing bed_entry_get ... " );
  38
  39     char      *path  = "test/test_files/test12.bed";
  40     FILE      *fp    = NULL;
  41     bed_entry *entry = NULL;
  42
  43     fp = read_open( path );
  44
  45     while ( ( entry = bed_entry_get( fp, 12 ) ) != NULL )
  46     {
  47 //        bed_entry_put( entry, 3 );
  48     }
  49
  50     close_stream( fp );
  51
  52     fprintf( stderr, "OK\n" );
  53 }
  54
  55
  56 void test_bed_entries_get()
  57 {
  58     fprintf( stderr, "   Testing bed_entries_get ... " );
  59
  60     char    *path    = "test/test_files/test12.bed";
  61     list_sl *entries = NULL;
  62
  63     entries = bed_entries_get( path, 0 );
  64
  65 //    bed_entries_put( entries, 0 );
  66
  67     fprintf( stderr, "OK\n" );
  68 }
  69
  70
  71 void test_bed_entries_destroy()
  72 {
  73     fprintf( stderr, "   Testing bed_entries_destroy ... " );
  74
  75     char    *path    = "test/test_files/test12.bed";
  76     list_sl *entries = NULL;
  77
  78     entries = bed_entries_get( path, 0 );
  79
  80     bed_entries_destroy( &entries );
  81
  82     assert( entries == NULL );
  83
  84     fprintf( stderr, "OK\n" );
  85 }
  86
  87
  88 void test_bed_entries_sort()
  89 {
  90     fprintf( stderr, "   Testing bed_entries_sort ... " );
  91
  92     char    *path    = "test/test_files/test12.bed";
  93     list_sl *entries = NULL;
  94
  95     entries = bed_entries_get( path, 0 );
  96
  97     list_sl_sort( &entries, cmp_bed_sort_chr_beg );
  98     list_sl_sort( &entries, cmp_bed_sort_chr_strand_beg );
  99
 100 //    bed_entries_put( entries, 0 );
 101
 102     fprintf( stderr, "OK\n" );
 103 }
 104
 105
 106 void test_bed_file_sort_beg()
 107 {
 108     fprintf( stderr, "   Testing bed_file_sort_beg ... " );
 109
 110 //    char    *path    = "test/test_files/test12.bed";
 111
 112 //    bed_file_sort_beg( path, 3 );
 113
 114     fprintf( stderr, "OK\n" );
 115 }
 116
 117
 118 void test_bed_file_sort_strand_beg()
 119 {
 120     fprintf( stderr, "   Testing bed_file_sort_strand_beg ... " );
 121
 122 //    char    *path    = "test/test_files/test12.bed";
 123
 124 //    bed_file_sort_strand_beg( path, 6 );
 125
 126     fprintf( stderr, "OK\n" );
 127 }
 128
 129
 130 void test_bed_file_sort_chr_beg()
 131 {
 132     fprintf( stderr, "   Testing bed_file_sort_chr_beg ... " );
 133
 134 //    char    *path    = "test/test_files/test12.bed";
 135
 136 //    bed_file_sort_chr_beg( path, 6 );
 137
 138     fprintf( stderr, "OK\n" );
 139 }
 140
 141
 142 void test_bed_file_sort_chr_strand_beg()
 143 {
 144     fprintf( stderr, "   Testing bed_file_sort_chr_strand_beg ... " );
 145
 146 //    char    *path    = "test/test_files/test12.bed";
 147
 148 //    bed_file_sort_chr_strand_beg( path, 6 );
 149
 150     fprintf( stderr, "OK\n" );
 151 }
 152
 153