code_c/Maasha/src/inc/seq.h

   1 /* Macro to test if a given char is sequence (DNA, RNA, Protein, indels. brackets, etc ). */
   2 #define isseq( x ) ( x > 32 && x < 127 ) ? 1 : 0
   3
   4 /* Macro to test if a given char is DNA. */
   5 #define isDNA( c ) ( c == 'A' || c == 'a' || c == 'T' || c == 't' ||  c == 'C' || c == 'c' ||  c == 'G' || c == 'g' || c == 'N' || c == 'n' ) ? 1 : 0
   6
   7 /* Macro to test if a given char is RNA. */
   8 #define isRNA( c ) ( c == 'A' || c == 'a' || c == 'U' || c == 'u' ||  c == 'C' || c == 'c' ||  c == 'G' || c == 'g' || c == 'N' || c == 'n' ) ? 1 : 0
   9
  10 #define MAX_SEQ_NAME      1024
  11 #define MAX_SEQ      250000000
  12
  13 /* Definition of a sequence entry */
  14 struct _seq_entry
  15 {
  16     char   *seq_name;
  17     char   *seq;
  18     size_t  seq_len;
  19 };
  20
  21 typedef struct _seq_entry seq_entry;
  22
  23 /* Initialize a new sequence entry. */
  24 void seq_new( seq_entry **entry_ppt, size_t max_seq_name, size_t max_seq );
  25
  26 /* Destroy a sequence entry. */
  27 void seq_destroy( seq_entry *entry );
  28
  29 /* Uppercase sequence. */
  30 void uppercase_seq( char *seq );
  31
  32 /* Lowercase sequence. */
  33 void lowercase_seq( char *seq );
  34
  35 /* Reverse compliments DNA sequence. */
  36 void revcomp_dna( char *seq );
  37
  38 /* Reverse compliments RNA sequence. */
  39 void revcomp_rna( char *seq );
  40
  41 /* Reverse compliment nucleotide sequnce after guessing the sequence type. */
  42 void revcomp_nuc( char *seq );
  43
  44 /* Complement DNA sequence. (NB it is not reversed!). */
  45 void complement_dna( char *seq );
  46
  47 /* Complement RNA sequence. (NB it is not reversed!). */
  48 void complement_rna( char *seq );
  49
  50 /* Complement nucleotide sequence after guessing the sequence type. */
  51 void complement_nuc( char *seq );
  52
  53 /* Reverse sequence. */
  54 void reverse( char *seq );
  55
  56 /* Convert all non-nucleotide letters to Ns. */
  57 void seq2nuc_simple( char *seq );
  58
  59 /* Convert DNA into RNA by change t and T to u and U, respectively. */
  60 void dna2rna( char *seq );
  61
  62 /* Convert RNA into DNA by change u and U to t and T, respectively. */
  63 void rna2dna( char *seq );
  64
  65 /* Check if a sequence is DNA by inspecting the first 100 residues. */
  66 bool is_dna( char *seq );
  67
  68 /* Check if a sequence is RNA by inspecting the first 100 residues. */
  69 bool is_rna( char *seq );
  70
  71 /* Check if a sequence is protein by inspecting the first 100 residues. */
  72 bool is_protein( char *seq );
  73
  74 /* Guess if a sequence is DNA, RNA, or protein by inspecting the first 100 residues. */
  75 char *seq_guess_type( char *seq );
  76
  77 /* Check if a sequence contain N or n. */
  78 bool contain_N( char *seq );
  79
  80 /* Pack a nucleotide oligo (max length 15) into a binary/integer (good for hash keys). */
  81 int  oligo2bin( char *oligo );
  82