bp_test/test_all

   1 #!/bin/bash
   2
   3 source "$BP_DIR/bp_test/lib/test.sh"
   4
   5 if [ -f $log_file ]; then
   6     rm $log_file
   7 fi
   8
   9 test_perl
  10 test_perl_module "Inline"
  11 test_perl_module "JSON::XS"
  12 test_perl_module "SVG"
  13 test_perl_module "Bit::Vector"
  14 test_perl_module "Time::HiRes"
  15 test_ruby
  16 test_ruby_gem "gnuplot"
  17 test_ruby_gem "narray"
  18 test_ruby_gem "RubyInline"
  19 test_ruby_gem "terminal-table"
  20 test_aux_program "blastall"
  21 test_aux_program "blat"
  22 test_aux_program "bwa"
  23 test_aux_program "bowtie"
  24 test_aux_program "bowtie2"
  25 test_aux_program "formatdb"
  26 test_aux_program "hmmsearch"
  27 test_aux_program "gnuplot"
  28 test_aux_program "idba"
  29 test_aux_program "muscle"
  30 test_aux_program "mummer"
  31 test_aux_program "mysql"
  32 test_aux_program "prodigal"
  33 test_aux_program "Ray"
  34 test_aux_program "scan_for_matches"
  35 test_aux_program "usearch"
  36 test_aux_program "velveth"
  37 test_aux_program "velvetg"
  38 test_aux_program "vmatch"
  39
  40 count=0
  41 time0=`date +%s`
  42
  43 for i in `ls "$BP_DIR/bp_test/test/"`; do
  44     "$BP_DIR/bp_test/test/$i"
  45     count=$[ $count + 1 ]
  46 done
  47
  48 time1=`date +%s`
  49 time=$[ $time1 - $time0 ]
  50
  51 test_count=`cat $log_file | wc -l | sed "s/ //g"`
  52 test_ok=`grep -c "OK" $log_file`
  53 test_fail=`grep -c "FAIL" $log_file`
  54 test_warn=`grep -c "WARNING" $log_file`
  55
  56 report="Biopieces tested: $count  Tests run: $test_count  OK: $test_ok  FAIL: $test_fail  WARNING: $test_warn  Time: $time secs"
  57
  58 if (($test_fail > 0)); then
  59     echo_red "$report"
  60 elif (($test_warn > 0)); then
  61     echo_yellow "$report"
  62 else
  63     echo_green "$report"
  64 fi