bp_test/test/test_write_fastq_files

   1 #!/bin/bash
   2
   3 source "$BP_DIR/bp_test/lib/test.sh"
   4
   5 mkdir $tmp_dir
   6 run "$bp -I $in -d $tmp_dir -k SEQ_NAME -x"
   7 assert_no_diff_dir $tmp_dir $out.1
   8 clean
   9 rm -rf $tmp_dir
  10
  11 mkdir $tmp_dir
  12 run "$bp -I $in -e base_33 -d $tmp_dir -k SEQ_NAME -x"
  13 assert_no_diff_dir $tmp_dir $out.1
  14 clean
  15 rm -rf $tmp_dir
  16
  17 mkdir $tmp_dir
  18 run "$bp -I $in -e base_64 -d $tmp_dir -k SEQ_NAME -x"
  19 assert_no_diff_dir $tmp_dir $out.2
  20 clean
  21 rm -rf $tmp_dir
  22
  23 mkdir $tmp_dir
  24 run "$bp -I $in -e base_64 -d $tmp_dir -k SEQ_NAME -Z gzip -x"
  25 gunzip $tmp_dir/*.gz
  26 assert_no_diff_dir $tmp_dir $out.2
  27 clean
  28 rm -rf $tmp_dir
  29
  30 mkdir $tmp_dir
  31 run "$bp -I $in -e base_64 -d $tmp_dir -k SEQ_NAME -Z bzip2 -x"
  32 bunzip2 $tmp_dir/*.bz2
  33 assert_no_diff_dir $tmp_dir $out.2
  34 clean
  35 rm -rf $tmp_dir