bp_test/test/test_write_fastq

   1 #!/bin/bash
   2
   3 source "$BP_DIR/bp_test/lib/test.sh"
   4
   5 run "$bp -I $in -o $tmp -x"
   6 assert_no_diff $tmp $out.1
   7 clean
   8
   9 run "$bp -I $in -e base_33 -o $tmp -x"
  10 assert_no_diff $tmp $out.1
  11 clean
  12
  13 run "$bp -I $in -e base_64 -o $tmp -x"
  14 assert_no_diff $tmp $out.2
  15 clean
  16
  17 run "$bp -I $in -Z gzip -o $tmp.gz -x"
  18 gunzip $tmp.gz
  19 assert_no_diff $tmp $out.1
  20 clean
  21
  22 run "$bp -I $in -Z bzip2 -o $tmp.bz2 -x"
  23 bunzip2 $tmp.bz2
  24 assert_no_diff $tmp $out.1
  25 clean