bp_test/test/test_write_fasta_files

   1 #!/bin/bash
   2
   3 source "$BP_DIR/bp_test/lib/test.sh"
   4
   5 mkdir $tmp_dir
   6 run "$bp -I $in -d $tmp_dir -k SEQ_NAME -x"
   7 assert_no_diff_dir $tmp_dir $out.1
   8 clean
   9 rm -rf $tmp_dir
  10
  11 mkdir $tmp_dir
  12 run "$bp -I $in -d $tmp_dir -k SEQ_LEN -x"
  13 assert_no_diff_dir $tmp_dir $out.2
  14 clean
  15 rm -rf $tmp_dir
  16
  17 mkdir $tmp_dir
  18 run "$bp -I $in -d $tmp_dir -k SEQ_LEN -Z gzip -x"
  19 gunzip $tmp_dir/*.gz
  20 assert_no_diff_dir $tmp_dir $out.2
  21 clean
  22 rm -rf $tmp_dir
  23
  24 mkdir $tmp_dir
  25 run "$bp -I $in -d $tmp_dir -k SEQ_LEN -Z bzip2 -x"
  26 bunzip2 $tmp_dir/*.bz2
  27 assert_no_diff_dir $tmp_dir $out.2
  28 clean
  29 rm -rf $tmp_dir
  30
  31 mkdir $tmp_dir
  32 run "$bp -I $in -d $tmp_dir -k SEQ_LEN -w 4 -x"
  33 assert_no_diff_dir $tmp_dir $out.3
  34 clean
  35 rm -rf $tmp_dir