bp_test/test/test_slice_align

   1 #!/bin/bash
   2
   3 source "$BP_DIR/bp_test/lib/test.sh"
   4
   5 run "$bp -I $in.1 -b 5 -e 10 -O $tmp"
   6 assert_no_diff $tmp $out.1
   7 clean
   8
   9 run "$bp -I $in.1 -f TGGCGGCATG -r GCGAACGGGT -m 0 -i 0 -d 0 -O $tmp"
  10 assert_no_diff $tmp $out.2
  11 clean
  12
  13 run "$bp -I $in.1 -F CATGCCGCCA -r GCGAACGGGT -m 0 -i 0 -d 0 -O $tmp"
  14 assert_no_diff $tmp $out.2
  15 clean
  16
  17 run "$bp -I $in.1 -f TGGCGGCATG -R ACCCGTTCGC -m 0 -i 0 -d 0 -O $tmp"
  18 assert_no_diff $tmp $out.2
  19 clean
  20
  21 run "$bp -I $in.1 -f TGGgGGCATG -r GCGAtCGGGT -m 1 -i 0 -d 0 -O $tmp"
  22 assert_no_diff $tmp $out.2
  23 clean
  24
  25 run "$bp -I $in.1 -f TGGCGcGCATG -r GCGAtACGGGT -m 0 -i 1 -d 0 -O $tmp"
  26 assert_no_diff $tmp $out.2
  27 clean
  28
  29 run "$bp -I $in.1 -f TGGCGCATG -r GCGAAGGGT -m 0 -i 0 -d 1 -O $tmp"
  30 assert_no_diff $tmp $out.2
  31 clean
  32
  33 run "$bp -I $in.1 -f ATACGCTGCGGAGGCTA -r TTGCTACCAGGCGTCGAGCGGCGGACGGG -t $in.2 -m 0 -d 0 -i 0 -O $tmp"
  34 assert_no_diff $tmp $out.3
  35 clean
  36
  37 run "$bp -I $in.1 -b 5 -e 10 -t $in.2 -O $tmp"
  38 assert_no_diff $tmp $out.4
  39 clean