bp_test/test/test_read_fastq

   1 #!/bin/bash
   2
   3 source "$BP_DIR/bp_test/lib/test.sh"
   4
   5 run "$bp -i $in.1 -O $tmp"
   6 assert_no_diff $tmp $out.1
   7 clean
   8
   9 run "$bp -i $in.1 -e base_33 -O $tmp"
  10 assert_no_diff $tmp $out.1
  11 clean
  12
  13 run "$bp -i $in.2 -O $tmp"
  14 assert_no_diff $tmp $out.2
  15 clean
  16
  17 run "$bp -i $in.2 -e base_64 -O $tmp"
  18 assert_no_diff $tmp $out.2
  19 clean
  20
  21 run "$bp -i $in.1.gz -O $tmp"
  22 assert_no_diff $tmp $out.1
  23 clean
  24
  25 run "$bp -i $in.1 -n 1 -O $tmp"
  26 assert_no_diff $tmp $out.3
  27 clean
  28
  29 run "$bp -i $in.3 -j $in.4 -O $tmp"
  30 assert_no_diff $tmp $out.4
  31 clean