bp_test/test/test_patscan_seq

   1 #!/bin/bash
   2
   3 source "$BP_DIR/bp_test/lib/test.sh"
   4
   5 run "$bp -I $in.1 -p GACT -O $tmp"
   6 assert_no_diff $tmp $out.1
   7 clean
   8
   9 run "$bp -I $in.1 -p GACT -c -O $tmp"
  10 assert_no_diff $tmp $out.2
  11 clean
  12
  13 run "$bp -I $in.1 -p GACT -i -O $tmp"
  14 assert_no_diff $tmp $out.3
  15 clean
  16
  17 run "$bp -I $in.1 -o -p GG -O $tmp"
  18 assert_no_diff $tmp $out.4
  19 clean
  20
  21 run "$bp -I $in.2 -p RARP -O $tmp"
  22 assert_no_diff $tmp $out.5
  23 clean
  24
  25 run "$bp -I $in.2 -p RARP -i -O $tmp"
  26 assert_no_diff $tmp $out.6
  27 clean