bp_test/out/find_homopolymers.out.1

   1 SEQ_NAME: test1
   2 SEQ: attcccggggnnnnn
   3 SEQ_LEN: 15
   4 HOMOPOL_PAT: A
   5 HOMOPOL_LEN: 1
   6 HOMOPOL_POS: 0
   7 ---
   8 SEQ_NAME: test1
   9 SEQ: attcccggggnnnnn
  10 SEQ_LEN: 15
  11 HOMOPOL_PAT: TT
  12 HOMOPOL_LEN: 2
  13 HOMOPOL_POS: 1
  14 ---
  15 SEQ_NAME: test1
  16 SEQ: attcccggggnnnnn
  17 SEQ_LEN: 15
  18 HOMOPOL_PAT: CCC
  19 HOMOPOL_LEN: 3
  20 HOMOPOL_POS: 3
  21 ---
  22 SEQ_NAME: test1
  23 SEQ: attcccggggnnnnn
  24 SEQ_LEN: 15
  25 HOMOPOL_PAT: GGGG
  26 HOMOPOL_LEN: 4
  27 HOMOPOL_POS: 6
  28 ---
  29 SEQ_NAME: test1
  30 SEQ: attcccggggnnnnn
  31 SEQ_LEN: 15
  32 HOMOPOL_PAT: NNNNN
  33 HOMOPOL_LEN: 5
  34 HOMOPOL_POS: 10
  35 ---
  36 SEQ_NAME: test2
  37 SEQ: nnnnnggggccctta
  38 SEQ_LEN: 15
  39 HOMOPOL_PAT: NNNNN
  40 HOMOPOL_LEN: 5
  41 HOMOPOL_POS: 0
  42 ---
  43 SEQ_NAME: test2
  44 SEQ: nnnnnggggccctta
  45 SEQ_LEN: 15
  46 HOMOPOL_PAT: GGGG
  47 HOMOPOL_LEN: 4
  48 HOMOPOL_POS: 5
  49 ---
  50 SEQ_NAME: test2
  51 SEQ: nnnnnggggccctta
  52 SEQ_LEN: 15
  53 HOMOPOL_PAT: CCC
  54 HOMOPOL_LEN: 3
  55 HOMOPOL_POS: 9
  56 ---
  57 SEQ_NAME: test2
  58 SEQ: nnnnnggggccctta
  59 SEQ_LEN: 15
  60 HOMOPOL_PAT: TT
  61 HOMOPOL_LEN: 2
  62 HOMOPOL_POS: 12
  63 ---
  64 SEQ_NAME: test2
  65 SEQ: nnnnnggggccctta
  66 SEQ_LEN: 15
  67 HOMOPOL_PAT: A
  68 HOMOPOL_LEN: 1
  69 HOMOPOL_POS: 14
  70 ---
  71 SEQ_NAME: test3
  72 SEQ: a
  73 SEQ_LEN: 1
  74 HOMOPOL_PAT: A
  75 HOMOPOL_LEN: 1
  76 HOMOPOL_POS: 0
  77 ---
  78 SEQ_NAME: test4
  79 SEQ: aA
  80 SEQ_LEN: 2
  81 HOMOPOL_PAT: AA
  82 HOMOPOL_LEN: 2
  83 HOMOPOL_POS: 0
  84 ---