bp_scripts/trim_seq.sh

   1 #!/bin/sh
   2
   3 # Trim sequences in the stream based on quality scores and
   4 # outputs a number of plots.
   5
   6 pid=$$
   7
   8 plot_scores -t post -o 00_trim_seq_scores_pretrim.$pid.ps |
   9 plot_lendist -k SEQ_LEN -t post -o 01_trim_seq_lendist_pretrim.$pid.ps |
  10 trim_seq |
  11 grab -e "SEQ_LEN>=30" |
  12 mean_scores -l |
  13 grab -e "SCORES_LOCAL_MEAN>=15" |
  14 plot_scores -t post -o 02_trim_seq_scores_posttrim.$pid.ps |
  15 plot_lendist -k SEQ_LEN -t post -o 03_trim_seq_lendist_posttrim.$pid.ps