bp_scripts/remove_adaptor_illumina.sh

   1 #!/bin/sh
   2
   3 # Remove adaptor from sequences and produce a number of plots.
   4
   5 # Usage: read_fastq -i test.fq | remove_adaptor.sh | write_fastq -xo test_no_adaptor.fq
   6
   7 #adaptor='AGATCGGAAGACACACGTCT'  # Solexa adaptor
   8 adaptor='TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG' # 454 adaptor
   9 pid=$$
  10
  11 #find_adaptor -a $adaptor |
  12 parallel -k --blocksize 50M --pipe --recend "\n---\n" "nice -n 19 find_adaptor -a $adaptor" |
  13 plot_histogram -t post -o remove_adaptor_histogram.$pid.ps -k ADAPTOR_POS -s num |
  14 plot_lendist -t post -o remove_adaptor_lendist.$pid.ps -k ADAPTOR_LEN |
  15 analyze_vals -k ADAPTOR_POS,ADAPTOR_LEN -o remove_adaptor_analyze_vals.$pid.txt |
  16 clip_adaptor