bp_conf/bashrc

   1 ### >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
   2
   3 ### DO NOT MAKE ANY CHANGES
   4
   5 ### Stuff that enables Biopieces.
   6
   7 ### BP_DIR, BP_DATA, BP_TMP, and BP_LOG should all be set in ~/.bashrc
   8 ### see http://code.google.com/p/biopieces/wiki/Installation
   9
  10 ### The below bin directory should hold biopiece executables - regardsles of programming language.
  11
  12 export BP_BIN="$BP_DIR/bp_bin"              # Directory with biopiece executables.
  13
  14 ### The following directories hold the biopiece libraries, modules, gems, etc - one per programming language.
  15
  16 export BP_PERL="$BP_DIR/code_perl"          # Direcotory with Perl code.
  17 export BP_C="$BP_DIR/code_c"                # Direcotory with C code.
  18 export BP_PYTHON="$BP_DIR/code_python"      # Direcotory with Pyton code.
  19 export BP_RUBY="$BP_DIR/code_ruby"          # Direcotory with Ruby code.
  20
  21 ### This is the directory with the document root fro the Biopieces Genome Browser:
  22
  23 export BP_WWW="$BP_DIR/www"                 # Direcotory with Biopieces Genome Browser.
  24
  25 ### Here we add the biopiece variable to the existing PATH.
  26
  27 export PATH="$PATH:$BP_BIN"
  28
  29 ### Here we add the Biopieces Perl modules to PERL5LIB.
  30
  31 export PERL5LIB="$PERL5LIB:$BP_PERL"
  32
  33 ### Here we add the Biopieces Ruby libraries to RUBYLIB.
  34
  35 export RUBYLIB="$RUBYLIB:$BP_RUBY/lib"
  36
  37 ### Some useful aliases.
  38
  39 alias bp_update="svn update $BP_DIR && svn update $BP_DIR/bp_usage"
  40 alias bp_test="$BP_DIR/bp_test/test_all"
  41
  42 ### >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  43
  44
  45 ### Martin A. Hansen, June 2008