bp_bin/write_tab

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Write tabular output from the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Fasta;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32
  33
  34 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  35
  36
  37 my ( $run_time_beg, $run_time_end, $options, $in, $out, $record, $data_out, @vals, $ok, $key, @keys, $A, $B, %no_keys, $sort_keys, $check_sort );
  38
  39 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  40     [
  41         { long => 'no_stream', short => 'x', type => 'flag',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  42         { long => 'data_out',  short => 'o', type => 'file',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  43         { long => 'comment',   short => 'c', type => 'flag',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44         { long => 'delimit',   short => 'd', type => 'string', mandatory => 'no', default => "\t",  allowed => undef, disallowed => undef },
  45         { long => 'keys',      short => 'k', type => 'list',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  46         { long => 'no_keys',   short => 'K', type => 'list',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  47         { long => 'compress',  short => 'Z', type => 'flag',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  48     ]
  49 );
  50
  51 $in       = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  52 $out      = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  53 $data_out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "data_out" }, $options->{ "compress" } );
  54
  55 map { $no_keys{ $_ } = 1 } @{ $options->{ "no_keys" } };
  56
  57 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  58 {
  59     undef @vals;
  60     $ok = 1;
  61
  62     if ( $options->{ "keys" } )
  63     {
  64         map { $ok = 0 if not exists $record->{ $_ } } @{ $options->{ "keys" } };
  65
  66         if ( $ok )
  67         {
  68             foreach $key ( @{ $options->{ "keys" }  } )
  69             {
  70                 if ( exists $record->{ $key } )
  71                 {
  72                     push @keys, $key if $options->{ "comment" };
  73                     push @vals, $record->{ $key };
  74                 }
  75             }
  76          }
  77     }
  78     else
  79     {
  80         if ( not $check_sort )
  81         {
  82             $sort_keys = 1;
  83
  84             map { $sort_keys = 0 if $_ !~ /^V(\d+)$/ } keys %{ $record };
  85
  86             $check_sort = 1;
  87         }
  88
  89         if ( $sort_keys )
  90         {
  91             foreach $key ( sort { $A = $a; $B = $b; $A =~ s/^V(\d+)$/$1/; $B =~ s/^V(\d+)$/$1/; $A <=> $B } keys %{ $record } )
  92             {
  93                 next if exists $no_keys{ $key };
  94
  95                 push @keys, $key if $options->{ "comment" };
  96                 push @vals, $record->{ $key };
  97             }
  98         }
  99         else
 100         {
 101             foreach $key ( keys %{ $record } )
 102             {
 103                 next if exists $no_keys{ $key };
 104
 105                 push @keys, $key if $options->{ "comment" };
 106                 push @vals, $record->{ $key };
 107             }
 108
 109         }
 110     }
 111
 112     if ( @keys and $options->{ "comment" } )
 113     {
 114         print $data_out "#", join( $options->{ "delimit" }, @keys ), "\n";
 115
 116         delete $options->{ "comment" };
 117     }
 118
 119     print $data_out join( $options->{ "delimit" }, @vals ), "\n" if @vals;
 120
 121     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
 122 }
 123
 124 close $data_out;
 125
 126
 127 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 128
 129
 130 BEGIN
 131 {
 132     $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
 133
 134     Maasha::Biopieces::log_biopiece();
 135 }
 136
 137 END
 138 {
 139     Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 140     Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 141
 142     $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
 143
 144     Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
 145 }
 146
 147
 148 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 149
 150
 151 __END__