bp_bin/write_tab

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2013 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Write tabular output from the stream.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 class Numeric
  32   def commify
  33     self.to_s.gsub(/(^[-+]?\d+?(?=(?>(?:\d{3})+)(?!\d))|\G\d{3}(?=\d))/, '\1,')
  34   end
  35 end
  36
  37 require 'terminal-table'
  38 require 'maasha/biopieces'
  39 require 'maasha/filesys'
  40
  41 casts = []
  42 casts << {long: 'no_stream', short: 'x', type: 'flag',   mandatory: false, default: nil,  allowed: nil,               disallowed: nil}
  43 casts << {long: 'pretty',    short: 'p', type: 'flag',   mandatory: false, default: nil,  allowed: nil,               disallowed: nil}
  44 casts << {long: 'comment',   short: 'c', type: 'flag',   mandatory: false, default: nil,  allowed: nil,               disallowed: nil}
  45 casts << {long: 'commify',   short: 'C', type: 'flag',   mandatory: false, default: nil,  allowed: nil,               disallowed: nil}
  46 casts << {long: 'delimit',   short: 'd', type: 'string', mandatory: false, default: "\t", allowed: nil,               disallowed: nil}
  47 casts << {long: 'keys',      short: 'k', type: 'list',   mandatory: false, default: nil,  allowed: nil,               disallowed: nil}
  48 casts << {long: 'no_keys',   short: 'K', type: 'list',   mandatory: false, default: nil,  allowed: nil,               disallowed: nil}
  49 casts << {long: 'data_out',  short: 'o', type: 'file',   mandatory: false, default: nil,  allowed: nil,               disallowed: nil}
  50 casts << {long: 'compress',  short: 'Z', type: 'string', mandatory: false, default: nil,  allowed: "gzip,bzip,bzip2", disallowed: nil}
  51
  52 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  53
  54 compress = options[:compress] ? options[:compress].to_sym : nil
  55
  56 raise "--data_out is mandatory for compressed output" if compress and not options[:data_out]
  57
  58 rows     = []
  59 headings = nil
  60 comment  = true if options[:comment]
  61 no_keys  = options[:no_keys].each_with_object({}) { |i, h| h[i.to_sym] = true } if options[:no_keys]
  62
  63 def columns_order(record)
  64   record.keys.each do |key|
  65     unless key.match(/^V\d+$/)
  66       return record.keys
  67     end
  68   end
  69
  70   record.keys.sort { |a, b| a.to_s[1 .. a.to_s.size].to_i <=> b.to_s[1 .. a.to_s.size].to_i }
  71 end
  72
  73 tab_out = options[:data_out] ? Filesys.open(options[:data_out], 'w', compress: compress) : STDOUT
  74
  75 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  76   input.each do |record|
  77     unless headings
  78       if options[:keys]
  79         headings = options[:keys].map { |k| k.to_sym }
  80       else
  81         headings = columns_order(record)
  82       end
  83
  84       headings.reject! {|r| no_keys[r] } if options[:no_keys]
  85     end
  86
  87     row = record.values_at(*headings)
  88
  89     if options[:pretty]
  90       rows << row
  91     else
  92       if comment
  93         tab_out.puts "#" + headings.join(options[:delimit]) unless headings.empty?
  94         comment = false
  95       end
  96
  97       tab_out.puts row.join(options[:delimit]) unless row.empty?
  98     end
  99
 100     output.puts record unless options[:no_stream]
 101   end
 102 end
 103
 104 if options[:pretty]
 105   table = Terminal::Table.new
 106   table.headings = headings if options[:comment]
 107
 108   first_row = rows.first.dup
 109
 110   if options[:commify]
 111     rows.each do |row|
 112       row.each_with_index do |cell, i|
 113         begin Integer(cell)
 114           row[i] = cell.to_i.commify
 115         rescue
 116           begin Float(cell)
 117             row[i] = cell.to_f.commify
 118           rescue
 119           end
 120         end
 121       end
 122     end
 123   end
 124
 125   table.rows = rows
 126
 127   first_row.each_with_index do |cell, i|
 128     begin Float(cell)
 129       table.align_column(i, :right)
 130     rescue
 131     end
 132   end
 133
 134   tab_out.puts table
 135 end
 136
 137 tab_out.close
 138
 139
 140 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 141
 142
 143 __END__