bp_bin/write_tab

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Write tabular output from the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Fasta;
  32 use Maasha::Biopieces;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $options, $in, $out, $record, $data_out, @vals, $ok, $key, @keys, $A, $B, %no_keys, $sort_keys, $check_sort );
  39
  40 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  41     [
  42         { long => 'no_stream', short => 'x', type => 'flag',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  43         { long => 'data_out',  short => 'o', type => 'file',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44         { long => 'comment',   short => 'c', type => 'flag',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  45         { long => 'delimit',   short => 'd', type => 'string', mandatory => 'no', default => "\t",  allowed => undef, disallowed => undef },
  46         { long => 'keys',      short => 'k', type => 'list',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  47         { long => 'no_keys',   short => 'K', type => 'list',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  48         { long => 'compress',  short => 'Z', type => 'flag',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  49     ]
  50 );
  51
  52 $in       = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  53 $out      = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  54 $data_out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "data_out" }, $options->{ "compress" } );
  55
  56 map { $no_keys{ $_ } = 1 } @{ $options->{ "no_keys" } };
  57
  58 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  59 {
  60     undef @vals;
  61     $ok = 1;
  62
  63     if ( $options->{ "keys" } )
  64     {
  65         map { $ok = 0 if not exists $record->{ $_ } } @{ $options->{ "keys" } };
  66
  67         if ( $ok )
  68         {
  69             foreach $key ( @{ $options->{ "keys" }  } )
  70             {
  71                 if ( exists $record->{ $key } )
  72                 {
  73                     push @keys, $key if $options->{ "comment" };
  74                     push @vals, $record->{ $key };
  75                 }
  76             }
  77          }
  78     }
  79     else
  80     {
  81         if ( not $check_sort )
  82         {
  83             $sort_keys = 1;
  84
  85             map { $sort_keys = 0 if $_ !~ /^V(\d+)$/ } keys %{ $record };
  86
  87             $check_sort = 1;
  88         }
  89
  90         if ( $sort_keys )
  91         {
  92             foreach $key ( sort { $A = $a; $B = $b; $A =~ s/^V(\d+)$/$1/; $B =~ s/^V(\d+)$/$1/; $A <=> $B } keys %{ $record } )
  93             {
  94                 next if exists $no_keys{ $key };
  95
  96                 push @keys, $key if $options->{ "comment" };
  97                 push @vals, $record->{ $key };
  98             }
  99         }
 100         else
 101         {
 102             foreach $key ( keys %{ $record } )
 103             {
 104                 next if exists $no_keys{ $key };
 105
 106                 push @keys, $key if $options->{ "comment" };
 107                 push @vals, $record->{ $key };
 108             }
 109
 110         }
 111     }
 112
 113     if ( @keys and $options->{ "comment" } )
 114     {
 115         print $data_out "#", join( $options->{ "delimit" }, @keys ), "\n";
 116
 117         delete $options->{ "comment" };
 118     }
 119
 120     print $data_out join( $options->{ "delimit" }, @vals ), "\n" if @vals;
 121
 122     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
 123 }
 124
 125 close $data_out;
 126
 127 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 128 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 129
 130
 131 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 132
 133
 134 BEGIN
 135 {
 136     Maasha::Biopieces::status_set();
 137 }
 138
 139
 140 END
 141 {
 142     Maasha::Biopieces::status_log();
 143 }
 144
 145
 146 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 147
 148
 149 __END__