bp_bin/write_sam

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2013 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Write sequences from stream in SAM format.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'maasha/sam'
  33
  34 casts = []
  35 casts << {:long=>'no_stream', :short=>'x', :type=>'flag', :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  36 casts << {:long=>'data_out',  :short=>'o', :type=>'file', :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  37 casts << {:long=>'compress',  :short=>'Z', :type=>'flag', :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  38
  39 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  40
  41 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  42   if options[:data_out]
  43     if options[:compress]
  44       io_out = Zlib::GzipWriter.open(options[:data_out])
  45     else
  46       io_out = File.open(options[:data_out], 'w')
  47     end
  48   else
  49     io_out = $stdout
  50   end
  51
  52   input.each do |record|
  53     if sam = Sam.new_bp(record)
  54       io_out.puts sam
  55     end
  56
  57     output.puts record unless options[:no_stream]
  58   end
  59
  60   io_out.close
  61 end
  62
  63
  64 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  65
  66
  67 __END__