bp_bin/write_gff

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Write features from the stream in GFF format.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::GFF;
  32 use Maasha::Biopieces;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $options, $in, $out, $record, $data_out, $entry, $pragmas );
  39
  40 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  41     [
  42         { long => 'no_stream', short => 'x', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  43         { long => 'data_out',  short => 'o', type => 'file', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44         { long => 'compress',  short => 'Z', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  45     ]
  46 );
  47
  48 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  49 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  50
  51 $data_out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "data_out" }, $options->{ "compress" } );
  52
  53 $pragmas = [ '##gff-version 3' ];
  54
  55 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  56 {
  57     if ( $entry = Maasha::GFF::biopiece2gff( $record ) )
  58     {
  59         Maasha::GFF::gff_pragma_put( $pragmas, $data_out ) if $pragmas;
  60
  61         undef $pragmas;
  62
  63         Maasha::GFF::gff_entry_put( $entry, $data_out );
  64     }
  65
  66     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  67 }
  68
  69 close $data_out;
  70
  71 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  72 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  73
  74
  75 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  76
  77
  78 BEGIN
  79 {
  80     Maasha::Biopieces::status_set();
  81 }
  82
  83
  84 END
  85 {
  86     Maasha::Biopieces::status_log();
  87 }
  88
  89
  90 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  91
  92
  93 __END__