bp_bin/write_fastq_files

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Write sequence type records to FASTQ files according to a specified key.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'maasha/fastq'
  33 require 'pp'
  34
  35 allowed_enc = 'base_33,base_64'
  36
  37 casts = []
  38 casts << {long: 'key',       short: 'k', type: 'string', mandatory: true,  default: nil,       allowed: nil,               disallowed: nil}
  39 casts << {long: 'dir',       short: 'd', type: 'dir!',   mandatory: true,  default: nil,       allowed: nil,               disallowed: nil}
  40 casts << {long: 'prefix',    short: 'p', type: 'string', mandatory: false, default: nil,       allowed: nil,               disallowed: nil}
  41 casts << {long: 'no_stream', short: 'x', type: 'flag',   mandatory: false, default: nil,       allowed: nil,               disallowed: nil}
  42 casts << {long: 'compress',  short: 'Z', type: 'string', mandatory: false, default: nil,       allowed: "gzip,bzip,bzip2", disallowed: nil}
  43 casts << {long: 'encoding',  short: 'e', type: 'string', mandatory: false, default: 'base_33', allowed: allowed_enc,       disallowed: nil}
  44
  45 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  46
  47 encoding = options[:encoding].to_sym
  48 compress = options[:compress] ? options[:compress].to_sym : nil
  49
  50 key = options[:key].to_sym
  51
  52 fh_hash = {}
  53
  54 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  55   input.each_record do |record|
  56     if record[:SEQ_NAME] and record[:SEQ] and record[:SCORES] and record[key]
  57       entry = Seq.new_bp(record)
  58       entry.qual_convert!(:base_33, encoding)
  59
  60       if fh_hash[record[key].to_sym]
  61         fastq_io = fh_hash[record[key].to_sym]
  62       else
  63         if options[:prefix]
  64           fastq_file = File.join(options[:dir], [options[:prefix], record[key]].join("_") + ".fastq")
  65         else
  66           fastq_file = File.join(options[:dir], record[key] + ".fastq")
  67         end
  68
  69         fastq_file << ".gz"  if compress == :gzip
  70         fastq_file << ".bz2" if compress == :bzip or compress == :bzip2
  71         fastq_io   = Fastq.open(fastq_file, "w", compress: compress)
  72         fh_hash[record[key].to_sym] = fastq_io
  73       end
  74
  75       fastq_io.puts entry.to_fastq
  76     end
  77
  78     output.puts record unless options[:no_stream]
  79   end
  80 end
  81
  82 fh_hash.each_value { |val| val.close }
  83
  84 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  85
  86
  87 __END__