bp_bin/write_fastq

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2012 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Write sequences from stream in FASTQ format.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'maasha/fastq'
  33
  34 allowed_enc = 'base_33,base_64'
  35
  36 casts = []
  37 casts << {long: 'no_stream', short: 'x', type: 'flag',   mandatory: false, default: nil,       allowed: nil,               disallowed: nil}
  38 casts << {long: 'data_out',  short: 'o', type: 'file',   mandatory: false, default: nil,       allowed: nil,               disallowed: nil}
  39 casts << {long: 'encoding',  short: 'e', type: 'string', mandatory: false, default: 'base_33', allowed: allowed_enc,       disallowed: nil}
  40 casts << {long: 'compress',  short: 'Z', type: 'string', mandatory: false, default: nil,       allowed: "gzip,bzip,bzip2", disallowed: nil}
  41
  42 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  43
  44 encoding = options[:encoding].to_sym
  45 compress = options[:compress] ? options[:compress].to_sym : nil
  46
  47 raise "--data_out is mandatory for compressed output" if compress and not options[:data_out]
  48
  49 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  50   fastq_out = options[:data_out] ? Fastq.open(options[:data_out], 'w', compress: compress) : STDOUT
  51
  52   input.each do |record|
  53     if record[:SEQ_NAME] and record[:SEQ] and record[:SCORES]
  54       entry = Seq.new_bp(record)
  55       entry.qual_convert!(:base_33, encoding)
  56
  57       fastq_out.puts entry.to_fastq
  58     end
  59
  60     output.puts record unless options[:no_stream]
  61   end
  62
  63   fastq_out.close
  64 end
  65
  66
  67 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  68
  69
  70 __END__