bp_bin/write_fastq

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2012 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Write sequences from stream in FASTQ format.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'maasha/fastq'
  33
  34 allowed_enc = 'base_33,base_64'
  35
  36 casts = []
  37 casts << {:long=>'no_stream', :short=>'x', :type=>'flag',   :mandatory=>false, :default=>nil,       :allowed=>nil,         :disallowed=>nil}
  38 casts << {:long=>'data_out',  :short=>'o', :type=>'file',   :mandatory=>false, :default=>nil,       :allowed=>nil,         :disallowed=>nil}
  39 casts << {:long=>'encoding',  :short=>'e', :type=>'string', :mandatory=>false, :default=>'base_33', :allowed=>allowed_enc, :disallowed=>nil}
  40 casts << {:long=>'compress',  :short=>'Z', :type=>'flag',   :mandatory=>false, :default=>nil,       :allowed=>nil,         :disallowed=>nil}
  41
  42 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  43
  44 encoding = options[:encoding].to_sym
  45
  46 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  47   if options[:data_out]
  48     if options[:compress]
  49       io_out = Zlib::GzipWriter.open(options[:data_out])
  50     else
  51       io_out = Fastq.open(options[:data_out], 'w')
  52     end
  53   else
  54     io_out = $stdout
  55   end
  56
  57   input.each do |record|
  58     if record[:SEQ_NAME] and record[:SEQ] and record[:SCORES]
  59       entry = Seq.new_bp(record)
  60       entry.qual_convert!(:base_33, encoding)
  61
  62       io_out.puts entry.to_fastq
  63     end
  64
  65     output.puts record unless options[:no_stream]
  66   end
  67
  68   io_out.close
  69 end
  70
  71
  72 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  73
  74
  75 __END__