bp_bin/write_fasta_files

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Write sequence type records to FASTA files according to a specified key.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'maasha/fasta'
  33 require 'pp'
  34
  35 casts = []
  36 casts << {long: 'key',       short: 'k', type: 'string', mandatory: true,  default: nil, allowed: nil,               disallowed: nil}
  37 casts << {long: 'dir',       short: 'd', type: 'dir!',   mandatory: true,  default: nil, allowed: nil,               disallowed: nil}
  38 casts << {long: 'wrap',      short: 'w', type: 'uint',   mandatory: false, default: nil, allowed: nil,               disallowed: "0"}
  39 casts << {long: 'compress',  short: 'Z', type: 'string', mandatory: false, default: nil, allowed: "gzip,bzip,bzip2", disallowed: nil}
  40 casts << {long: 'no_stream', short: 'x', type: 'flag',   mandatory: false, default: nil, allowed: nil,               disallowed: nil}
  41
  42 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  43
  44 key      = options[:key].to_sym
  45 compress = options[:compress] ? options[:compress].to_sym : nil
  46 fh_hash  = {}
  47
  48 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  49   input.each_record do |record|
  50     if record[:SEQ_NAME] and record[:SEQ] and record[key]
  51       seq = Seq.new_bp(record)
  52
  53       if fh_hash[record[key].to_sym]
  54         fasta_io = fh_hash[record[key].to_sym]
  55       else
  56         fasta_file = File.join(options[:dir], record[key] + ".fasta")
  57         fasta_file << ".gz"  if compress == :gzip
  58         fasta_file << ".bz2" if compress == :bzip or compress == :bzip2
  59         fasta_io   = Fasta.open(fasta_file, "w", compress: compress)
  60         fh_hash[record[key].to_sym] = fasta_io
  61       end
  62
  63       fasta_io.puts seq.to_fasta(options[:wrap])
  64     end
  65
  66     output.puts record unless options[:no_stream]
  67   end
  68 end
  69
  70 fh_hash.each_value { |val| val.close }
  71
  72 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  73
  74
  75 __END__