bp_bin/write_fasta_files

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Write sequence type records to FASTA files according to a specified key.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'maasha/fasta'
  33 require 'pp'
  34
  35 casts = []
  36 casts << {:long=>'key',       :short=>'k', :type=>'string', :mandatory=>true,  :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  37 casts << {:long=>'dir',       :short=>'d', :type=>'dir!',   :mandatory=>true,  :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  38 casts << {:long=>'no_stream', :short=>'x', :type=>'flag',   :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  39
  40 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  41
  42 key = options[:key].to_sym
  43
  44 fh_hash = {}
  45
  46 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  47   input.each_record do |record|
  48     if record[:SEQ_NAME] and record[:SEQ] and record[key]
  49       seq = Seq.new_bp(record)
  50
  51       if fh_hash[record[key].to_sym]
  52         fasta_io = fh_hash[record[key].to_sym]
  53       else
  54         fasta_file = File.join(options[:dir], record[key] + ".fasta")
  55         fasta_io   = Fasta.open(fasta_file, "w")
  56         fh_hash[record[key].to_sym] = fasta_io
  57       end
  58
  59       fasta_io.puts seq.to_fasta
  60     end
  61
  62     output.puts record unless options[:no_stream]
  63   end
  64 end
  65
  66 fh_hash.each_value { |val| val.close }
  67
  68 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  69
  70
  71 __END__