bp_bin/write_fasta

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2012 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Write sequences from stream in FASTA format.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'maasha/fasta'
  33
  34 casts = []
  35 casts << {long: 'no_stream', short: 'x', type: 'flag',   mandatory: false, default: nil, allowed: nil,               disallowed: nil}
  36 casts << {long: 'data_out',  short: 'o', type: 'file',   mandatory: false, default: nil, allowed: nil,               disallowed: nil}
  37 casts << {long: 'wrap',      short: 'w', type: 'uint',   mandatory: false, default: nil, allowed: nil,               disallowed: "0"}
  38 casts << {long: 'compress',  short: 'Z', type: 'string', mandatory: false, default: nil, allowed: "gzip,bzip,bzip2", disallowed: nil}
  39
  40 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  41
  42 compress = options[:compress] ? options[:compress].to_sym : nil
  43
  44 raise "--data_out is mandatory for compressed output" if compress and not options[:data_out]
  45
  46 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  47   fasta_out = options[:data_out] ? Fasta.open(options[:data_out], 'w', compress: compress) : STDOUT
  48
  49   input.each do |record|
  50     if record[:SEQ_NAME] and record[:SEQ]
  51       entry = Seq.new_bp(record)
  52
  53       fasta_out.puts entry.to_fasta(options[:wrap])
  54     end
  55
  56     output.puts record unless options[:no_stream]
  57   end
  58
  59   fasta_out.close
  60 end
  61
  62
  63 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  64
  65
  66 __END__