bp_bin/write_align

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Write aligned sequences from the stream as a pretty alignment.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Align;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $options, $in, $out, $record, $data_out, @entries );
  39
  40 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  41     [
  42         { long => 'no_stream',    short => 'x', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  43         { long => 'data_out',     short => 'o', type => 'file', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44         { long => 'wrap',         short => 'w', type => 'uint', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => '0'   },
  45         { long => 'no_ruler',     short => 'R', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  46         { long => 'no_consensus', short => 'C', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  47     ]
  48 );
  49
  50 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  51 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  52
  53 $data_out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "data_out" } ) ;
  54
  55 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  56 {
  57     if ( $record->{ "SEQ_NAME" } and $record->{ "SEQ" } ) {
  58         push @entries, [ $record->{ "SEQ_NAME" }, $record->{ "SEQ" } ];
  59     }
  60
  61     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  62 }
  63
  64 if ( scalar( @entries ) == 2 ) {
  65     Maasha::Align::align_print_pairwise( $entries[ 0 ], $entries[ 1 ], $data_out, $options->{ "wrap" } );
  66 } elsif ( scalar ( @entries ) > 2 ) {
  67     Maasha::Align::align_print_multi( \@entries, $data_out, $options->{ "wrap" }, $options->{ "no_ruler" }, $options->{ "no_consensus" } );
  68 }
  69
  70 close $data_out;
  71
  72 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  73 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  74
  75
  76 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  77
  78
  79 BEGIN
  80 {
  81     Maasha::Biopieces::status_set();
  82 }
  83
  84
  85 END
  86 {
  87     Maasha::Biopieces::status_log();
  88 }
  89
  90
  91 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  92
  93
  94 __END__