bp_bin/write_454

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Write sequences and scores from stream to FASTA and QUAL files.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Fastq;
  33 use Maasha::Fasta;
  34
  35
  36 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  37
  38
  39 my ( $options, $in, $out, $record, $data_out, $qual_out, $entry );
  40
  41 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  42     [
  43         { long => 'no_stream', short => 'x', type => 'flag', mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44         { long => 'data_out',  short => 'o', type => 'file', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  45         { long => 'qual_out',  short => 'q', type => 'file', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  46         { long => 'compress',  short => 'Z', type => 'flag', mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  47     ]
  48 );
  49
  50 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  51 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  52
  53 $data_out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "data_out" }, $options->{ "compress" } );
  54 $qual_out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "qual_out" }, $options->{ "compress" } );
  55
  56 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  57 {
  58     if ( $entry = Maasha::Fasta::biopiece2fasta( $record ) )
  59     {
  60         Maasha::Fasta::put_entry( $entry, $data_out );
  61
  62         qual_put_entry( $entry->[ 0 ], $record->{ 'SCORES' }, $qual_out );
  63     }
  64
  65     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  66 }
  67
  68 close $data_out;
  69 close $qual_out;
  70
  71 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  72 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  73
  74
  75 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  76
  77
  78 sub qual_put_entry
  79 {
  80     # Martin A. Hansen, May 2010.
  81
  82     # Output a score string in 454 quality format.
  83
  84     my ( $name,        # entry name
  85          $score_str,   # scores in Solexa format.
  86          $fh,          # output filehandle
  87        ) = @_;
  88
  89     # Returns nothing.
  90
  91     $score_str  = Maasha::Fastq::phred_str2dec_str( $score_str );
  92     $score_str  =~ tr/;/ /;
  93
  94     print $fh ">$name\n";
  95     print $fh "$score_str\n";
  96 }
  97
  98
  99 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 100
 101
 102 BEGIN
 103 {
 104     Maasha::Biopieces::status_set();
 105 }
 106
 107
 108 END
 109 {
 110     Maasha::Biopieces::status_log();
 111 }
 112
 113
 114 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 115
 116
 117 __END__