bp_bin/write_2bit

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Write nucleotide sequences in 2bit format.
  25
  26 # WARNING WARNING There is a bug that prevents 2bit output to be read by Jim Kents tools. WARNING WARNING
  27 #                 Possibly the padding is wrong.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31
  32 use warnings;
  33 use strict;
  34 use Maasha::Fasta;
  35 use Maasha::Biopieces;
  36 use Maasha::Filesys;
  37 use Maasha::TwoBit;
  38
  39
  40 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  41
  42
  43 my ( $options, $in, $out, $record, $mask, $tmp_dir, $tmp_file, $fh_tmp, $fh_in, $fh_out, $entry );
  44
  45 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  46     [
  47         { long => 'no_stream', short => 'x', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  48         { long => 'data_out',  short => 'o', type => 'file', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  49         { long => 'no_mask',   short => 'N', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  50     ]
  51 );
  52
  53 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  54 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  55
  56 $mask = 1 if not $options->{ "no_mask" };
  57
  58 $tmp_dir = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
  59
  60 $tmp_file = "$tmp_dir/write_2bit.fna";
  61
  62 $fh_tmp   = Maasha::Filesys::file_write_open( $tmp_file );
  63
  64 $fh_out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "data_out" } );
  65
  66 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  67 {
  68     if ( $entry = Maasha::Fasta::biopiece2fasta( $record ) ) {
  69         Maasha::Fasta::put_entry( $entry, $fh_tmp );
  70     }
  71
  72     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  73 }
  74
  75 close $fh_tmp;
  76
  77 $fh_in = Maasha::Filesys::file_read_open( $tmp_file );
  78
  79 Maasha::TwoBit::fasta2twobit( $fh_in, $fh_out, $mask );
  80
  81 close $fh_in;
  82 close $fh_out;
  83
  84 unlink $tmp_file;
  85
  86 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  87 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  88
  89
  90 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  91
  92
  93 BEGIN
  94 {
  95     Maasha::Biopieces::status_set();
  96 }
  97
  98
  99 END
 100 {
 101     Maasha::Biopieces::status_log();
 102 }
 103
 104
 105 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 106
 107
 108 __END__