bp_bin/usearch_seq

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Usearch sequences in the stream against a specified database.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'maasha/fasta'
  33 require 'maasha/usearch'
  34
  35 casts = []
  36 casts << {:long=>'database', :short=>'d', :type=>'file!', :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  37 casts << {:long=>'identity', :short=>'i', :type=>'float', :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  38 casts << {:long=>'e_val',    :short=>'e', :type=>'float', :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  39
  40 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  41
  42 raise ArgumentError, "--identity or --e_val must be specified" unless options[:identity] or options[:e_val]
  43
  44 tmpdir  = Biopieces.mktmpdir
  45 infile  = File.join(tmpdir, "in.fna")
  46 outfile = File.join(tmpdir, "out.uc")
  47
  48 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  49   Fasta.open(infile, mode="w") do |fasta_io|
  50     input.each_record do |record|
  51       output.puts record
  52
  53       if record[:SEQ_NAME] and record[:SEQ]
  54         fasta_io.puts Seq.new_bp(record).to_fasta
  55       end
  56     end
  57   end
  58
  59   us = Usearch.new(infile, outfile, options)
  60
  61   us.usearch
  62
  63   us.each_hit do |record|
  64     output.puts record
  65   end
  66 end
  67
  68
  69 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  70
  71
  72 __END__