bp_bin/usearch_seq

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Usearch sequences in the stream against a specified database.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'maasha/fasta'
  33 require 'maasha/usearch'
  34
  35 casts = []
  36 casts << {long: 'program',    short: 'p', type: 'string', mandatory: false, default: 'global', allowed: "local,global", disallowed: nil}
  37 casts << {long: 'database',   short: 'd', type: 'file!',  mandatory: true,  default: nil,      allowed: nil,            disallowed: nil}
  38 casts << {long: 'identity',   short: 'i', type: 'float',  mandatory: false, default: nil,      allowed: nil,            disallowed: nil}
  39 casts << {long: 'e_val',      short: 'e', type: 'float',  mandatory: false, default: nil,      allowed: nil,            disallowed: nil}
  40 casts << {long: 'cpus',       short: 'c', type: 'uint',   mandatory: false, default: 1,        allowed: nil,            disallowed: "0"}
  41 casts << {long: 'maxaccepts', short: 'm', type: 'uint',   mandatory: false, default: 0,        allowed: nil,            disallowed: nil}
  42
  43 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  44
  45 if options[:program] == 'global'
  46   raise ArgumentError, "--identity be specified for global search" unless options[:identity]
  47   raise ArgumentError, "--e_val is invalid for global search" if options[:e_val]
  48 else
  49   raise ArgumentError, "--identity or --e_val must be specified" unless options[:identity] or options[:e_val]
  50 end
  51
  52 tmpdir  = Biopieces.mktmpdir
  53 infile  = File.join(tmpdir, "in.fna")
  54 outfile = File.join(tmpdir, "out.uc")
  55
  56 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  57   Fasta.open(infile, mode="w") do |fasta_io|
  58     input.each_record do |record|
  59       output.puts record
  60
  61       if record[:SEQ_NAME] and record[:SEQ]
  62         fasta_io.puts Seq.new_bp(record).to_fasta
  63       end
  64     end
  65   end
  66
  67   us = Usearch.new(infile, outfile, options)
  68
  69   case options[:program]
  70   when "local"  then us.usearch_local
  71   when "global" then us.usearch_global
  72   else raise "no such program #{options[:program]}"
  73   end
  74
  75   us.each_hit do |record|
  76     output.puts record
  77   end
  78 end
  79
  80
  81 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  82
  83
  84 __END__