bp_bin/uniq_vals

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Select unique or non-unique records from the stream based on the value of a given key.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32
  33
  34 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  35
  36
  37 my ( $options, $in, $out, %hash, $record );
  38
  39 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  40     [
  41         { long => 'key',    short => 'k', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  42         { long => 'invert', short => 'i', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  43     ]
  44 );
  45
  46 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  47 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  48
  49 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  50 {
  51     if ( exists $record->{ $options->{ "key" } } )
  52     {
  53         if ( not $hash{ $record->{ $options->{ "key" } } } and not $options->{ "invert" } )
  54         {
  55             Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  56
  57             $hash{ $record->{ $options->{ "key" } } } = 1;
  58         }
  59         elsif ( $hash{ $record->{ $options->{ "key" } } } and $options->{ "invert" } )
  60         {
  61             Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  62         }
  63         else
  64         {
  65             $hash{ $record->{ $options->{ "key" } } } = 1;
  66         }
  67     }
  68     else
  69     {
  70         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  71     }
  72 }
  73
  74 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  75 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  76
  77
  78 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  79
  80
  81 BEGIN
  82 {
  83     Maasha::Biopieces::status_set();
  84 }
  85
  86
  87 END
  88 {
  89     Maasha::Biopieces::status_log();
  90 }
  91
  92
  93 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  94
  95
  96 __END__