bp_bin/uniq_seq

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Count sequences from the stream and select only unique sequences.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Common;
  32 use Maasha::Biopieces;
  33 use Maasha::Seq;
  34
  35
  36 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  37
  38
  39 my ( $options, $in, $out, %hash, $record, $seq, $rc_seq, $type );
  40
  41 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  42     [
  43         { long => 'complement', short => 'c', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44     ]
  45 );
  46
  47 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  48 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  49
  50 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  51 {
  52     if ( $record->{ 'SEQ' } ) {
  53         $hash{ uc $record->{ 'SEQ' } }++;
  54     } else {
  55         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  56     }
  57 }
  58
  59 if ( $options->{ 'complement' } )
  60 {
  61     foreach $seq ( keys %hash )
  62     {
  63         $type = Maasha::Seq::seq_guess_type( $seq ) if not $type;
  64
  65         if ( $type eq 'DNA' ) {
  66             $rc_seq = Maasha::Seq::dna_revcomp( $seq );
  67         } elsif ( $type eq 'RNA' ) {
  68             $rc_seq = Maasha::Seq::rna_revcomp( $seq );
  69         } else {
  70             Maasha::Common::error( "Cannot reverse-complement protein sequence" );
  71         }
  72
  73         if ( exists $hash{ $rc_seq } )
  74         {
  75             $hash{ $seq } += $hash{ $rc_seq };
  76
  77             delete $hash{ $rc_seq };
  78         }
  79     }
  80 }
  81
  82 foreach $seq ( keys %hash )
  83 {
  84     $record = {
  85         SEQ       => $seq,
  86         SEQ_LEN   => length $seq,
  87         SEQ_COUNT => $hash{ $seq },
  88     };
  89
  90     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  91 }
  92
  93 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  94 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  95
  96
  97 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  98
  99
 100 BEGIN
 101 {
 102     Maasha::Biopieces::status_set();
 103 }
 104
 105
 106 END
 107 {
 108     Maasha::Biopieces::status_log();
 109 }
 110
 111
 112 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 113
 114
 115 __END__