bp_bin/uchime_seq

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Usearch sequences in the stream against a specified database.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'maasha/fasta'
  33 require 'maasha/usearch'
  34
  35 casts = []
  36 casts << {:long=>'database', :short=>'d', :type=>'file!', :mandatory=>true, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  37
  38 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  39
  40 tmpdir  = Biopieces.mktmpdir
  41 infile  = File.join(tmpdir, "in.fna")
  42 tmpfile = File.join(tmpdir, "tmp.stream")
  43 outfile = File.join(tmpdir, "out.uc")
  44
  45 Biopieces.open(options[:stream_in], tmpfile) do |input, output|
  46   Fasta.open(infile, "w") do |fasta_io|
  47     input.each_record do |record|
  48       output.puts record
  49
  50       if record[:SEQ_NAME] and record[:SEQ]
  51         fasta_io.puts Seq.new_bp(record).to_fasta
  52       end
  53     end
  54   end
  55 end
  56
  57 us = Usearch.new(infile, outfile, options)
  58
  59 us.uchime
  60
  61 lookup = {}
  62
  63 File.open(outfile, 'r') do |ios|
  64   while ! ios.eof?
  65     line   = ios.readline.chomp
  66     fields = line.split("\t")
  67
  68     q_id = fields[1]
  69     chim = fields[-1]
  70
  71     if chim == 'Y'
  72       lookup[q_id] = 'YES'
  73     else
  74       lookup[q_id] = 'NO'
  75     end
  76   end
  77 end
  78
  79 Biopieces.open(tmpfile, options[:stream_out]) do |input, output|
  80   input.each_record do |record|
  81     if record[:SEQ_NAME] and record[:SEQ]
  82       record[:CHIMERIC] = lookup[record[:SEQ_NAME]];
  83     end
  84
  85     output.puts record
  86   end
  87 end
  88
  89 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  90
  91
  92 __END__