bp_bin/trim_seq

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2012 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Trim sequence ends removing residues with a low quality score.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'maasha/seq'
  33 require 'pp'
  34
  35 casts = []
  36 casts << {:long=>'min_qual', :short=>'m', :type=>'uint',   :mandatory=>true, :default=>20,     :allowed=>nil,               :disallowed=>'0'}
  37 casts << {:long=>'min_len',  :short=>'l', :type=>'uint',   :mandatory=>true, :default=>3,      :allowed=>nil,               :disallowed=>'0'}
  38 casts << {:long=>'trim',     :short=>'t', :type=>'string', :mandatory=>true, :default=>'both', :allowed=>'left,right,both', :disallowed=>nil}
  39
  40 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  41
  42 trim = options[:trim].to_sym
  43
  44 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  45   input.each_record do |record|
  46     if record[:SEQ] and record[:SCORES]
  47       entry = Seq.new_bp(record)
  48
  49       case trim
  50       when :both  then entry.quality_trim!(options[:min_qual], options[:min_len])
  51       when :left  then entry.quality_trim_left!(options[:min_qual], options[:min_len])
  52       when :right then entry.quality_trim_right!(options[:min_qual], options[:min_len])
  53       end
  54
  55       record.merge! entry.to_bp
  56     end
  57
  58     output.puts record
  59   end
  60 end
  61
  62
  63 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  64
  65
  66 __END__