bp_bin/transliterate_seq

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Transliterate chars from sequences in stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32
  33
  34 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  35
  36
  37 my ( $options, $in, $out, $record, $search, $replace, $delete );
  38
  39 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  40     [
  41         { long => 'search',  short => 's', type => 'string', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  42         { long => 'replace', short => 'r', type => 'string', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  43         { long => 'delete',  short => 'd', type => 'string', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44     ]
  45 );
  46
  47 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  48 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  49
  50 $search  = $options->{ "search" }  || "";
  51 $replace = $options->{ "replace" } || "";
  52 $delete  = $options->{ "delete" }  || "";
  53
  54 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  55 {
  56     if ( $record->{ "SEQ" } )
  57     {
  58         if ( $search and $replace ) {
  59             eval "\$record->{ 'SEQ' } =~ tr/$search/$replace/";
  60         } elsif ( $delete ) {
  61             eval "\$record->{ 'SEQ' } =~ tr/$delete//d";
  62
  63             $record->{ "SEQ_LEN" } = length $record->{ "SEQ" };
  64         }
  65     }
  66
  67     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  68 }
  69
  70 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  71 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  72
  73
  74 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  75
  76
  77 BEGIN
  78 {
  79     Maasha::Biopieces::status_set();
  80 }
  81
  82
  83 END
  84 {
  85     Maasha::Biopieces::status_log();
  86 }
  87
  88
  89 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  90
  91
  92 __END__