bp_bin/tile_seq

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Using the first sequence in the stream as reference, tile all subsequent sequences based on pairwise alignments.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31 use Maasha::Align;
  32
  33 use constant {
  34     SEQ_NAME => 0,
  35     SEQ      => 1,
  36 };
  37
  38
  39 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  40
  41
  42 my ( $run_time_beg, $run_time_end, $options, $in, $out, $record, $first, $ref_entry, @entries );
  43
  44 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  45     [
  46         { long => 'identity',       short => 'i', type => 'uint', mandatory => 'no', default => 70,    allowed => undef, disallowed => 0 },
  47         { long => 'supress_indels', short => 's', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  48     ]
  49 );
  50
  51 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  52 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  53
  54 $first = 1;
  55
  56 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  57 {
  58     if ( $record->{ "SEQ_NAME" } and $record->{ "SEQ" } )
  59     {
  60         if ( $first )
  61         {
  62             $ref_entry = [ $record->{ "SEQ_NAME" }, $record->{ "SEQ" } ];
  63
  64             $first = 0;
  65         }
  66         else
  67         {
  68             push @entries, [ $record->{ "SEQ_NAME" }, $record->{ "SEQ" } ];
  69         }
  70     }
  71     else
  72     {
  73         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  74     }
  75 }
  76
  77 @entries = Maasha::Align::align_tile( $ref_entry, \@entries, $options );
  78
  79 map { Maasha::Biopieces::put_record( { SEQ_NAME => $_->[ SEQ_NAME ], SEQ => $_->[ SEQ ] }, $out ) } @entries;
  80
  81
  82 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  83
  84
  85 BEGIN
  86 {
  87     $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
  88
  89     Maasha::Biopieces::log_biopiece();
  90 }
  91
  92
  93 END
  94 {
  95     Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  96     Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  97
  98     $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
  99
 100     Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
 101 }
 102
 103
 104 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 105
 106
 107 __END__
 108