bp_bin/tile_seq

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Using the first sequence in the stream as reference, tile all subsequent sequences based on pairwise alignments.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Align;
  33
  34 use constant {
  35     SEQ_NAME => 0,
  36     SEQ      => 1,
  37 };
  38
  39
  40 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  41
  42
  43 my ( $options, $in, $out, $record, $first, $ref_entry, @entries );
  44
  45 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  46     [
  47         { long => 'identity',       short => 'i', type => 'uint', mandatory => 'no', default => 70,    allowed => undef, disallowed => 0 },
  48         { long => 'supress_indels', short => 's', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  49     ]
  50 );
  51
  52 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  53 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  54
  55 $first = 1;
  56
  57 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  58 {
  59     if ( $record->{ "SEQ_NAME" } and $record->{ "SEQ" } )
  60     {
  61         if ( $first )
  62         {
  63             $ref_entry = [ $record->{ "SEQ_NAME" }, $record->{ "SEQ" } ];
  64
  65             $first = 0;
  66         }
  67         else
  68         {
  69             push @entries, [ $record->{ "SEQ_NAME" }, $record->{ "SEQ" } ];
  70         }
  71     }
  72     else
  73     {
  74         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  75     }
  76 }
  77
  78 @entries = Maasha::Align::align_tile( $ref_entry, \@entries, $options );
  79
  80 map { Maasha::Biopieces::put_record( { SEQ_NAME => $_->[ SEQ_NAME ], SEQ => $_->[ SEQ ] }, $out ) } @entries;
  81
  82 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  83 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  84
  85
  86 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  87
  88
  89 BEGIN
  90 {
  91     Maasha::Biopieces::status_set();
  92 }
  93
  94
  95 END
  96 {
  97     Maasha::Biopieces::status_log();
  98 }
  99
 100
 101 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 102
 103
 104 __END__