bp_bin/swapcase_seq

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 require 'Maasha/biopieces'
   4 require 'getoptlong'
   5
   6 options = GetoptLong.new(
   7     [ '--help',       '-?', GetoptLong::NO_ARGUMENT ],
   8     [ '--stream_in',  '-I', GetoptLong::REQUIRED_ARGUMENT ],
   9     [ '--stream_out', '-O', GetoptLong::REQUIRED_ARGUMENT ],
  10     [ '--verbose',    '-v', GetoptLong::NO_ARGUMENT ]
  11 )
  12
  13 if ARGV.length == 0 then
  14     biopiece = $0.split( "/" ).last
  15     exec "print_wiki --data_in #{ ENV[ 'BP_DIR' ] }/bp_usage/#{ biopiece }.wiki"
  16 end
  17
  18 options.each do | opt, arg |
  19     puts "option: #{ opt }   argument: #{ arg }"
  20
  21     case opt
  22         when '--help'
  23             biopiece = $0.split( "/" ).last
  24             exec "print_wiki --data_in #{ ENV[ 'BP_DIR' ] }/bp_usage/#{ biopiece }.wiki --help"
  25         when '--stream_in'
  26             puts "Stream in"
  27             stream = File.open( arg )
  28         when '--stream_out'
  29             puts "Stream out"
  30         when '--verbose'
  31             puts "blababnlbalbalbalbalab"
  32     end
  33 end
  34
  35 bp_stream = BioPieces.new( "test.stream" )
  36
  37 puts bp_stream.record_get