]> git.donarmstrong.com Git - biopieces.git/blob - bp_bin/sum_vals
removed debug message
[biopieces.git] / bp_bin / sum_vals
1 #!/usr/bin/env perl
2
3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
4
5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
8 # of the License, or (at your option) any later version.
9
10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
13 # GNU General Public License for more details.
14
15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
16 # along with this program; if not, write to the Free Software
17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
18
19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
20
21
22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
23
24 # Calculate the total sums for the values of given keys.
25
26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
27
28
29 use warnings;
30 use strict;
31 use Maasha::Biopieces;
32 use Maasha::Calc;
33
34
35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
36
37
38 my ( $options, $in, $out, $record, $new_record, $key, %sum_hash, $fh );
39
40 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
41     [
42         { long => 'no_stream', short => 'x', type => 'flag',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
43         { long => 'data_out',  short => 'o', type => 'file',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
44         { long => 'keys',      short => 'k', type => 'list',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
45         { long => 'list',      short => 'l', type => 'string', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
46     ]   
47 );
48
49 Maasha::Common::error( qq(both --keys and --list specified) ) if     $options->{ "keys" } and     $options->{ "list" };
50 Maasha::Common::error( qq(no --keys or --list specified) )    if not $options->{ "keys" } and not $options->{ "list" };
51
52 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
53 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
54
55 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) ) 
56 {
57     foreach $key ( @{ $options->{ "keys" } } )
58     {
59         if ( $record->{ $key } ) {
60             $sum_hash{ $key } += $record->{ $key };
61         }
62     }
63
64     if ( $options->{ 'list' } and $record->{ $options->{ 'list' } } ) {
65         $record->{ $options->{ 'list' } . "_SUM" } = sprintf( "%.2f", Maasha::Calc::sum( [ split ";", $record->{ $options->{ 'list' } } ] ) );
66     }
67
68     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
69 }
70
71 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
72 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
73
74 $fh = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "data_out" } );
75
76 foreach $key ( @{ $options->{ "keys" } } ) {
77     $new_record->{ $key . "_SUM" } = $sum_hash{ $key } || 0;
78 }
79
80 if ( $options->{ "keys" } and $new_record )
81 {
82     $new_record->{ 'REC_TYPE' } = "SUM";
83
84     Maasha::Biopieces::put_record( $new_record, $fh );
85 }
86
87 close $fh;
88
89
90 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
91
92
93 BEGIN
94 {
95     Maasha::Biopieces::status_set();
96 }
97
98
99 END
100 {
101     Maasha::Biopieces::status_log();
102 }
103
104
105 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
106
107
108 __END__