bp_bin/substitute_vals

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2013 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Substitute values to keys in the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32
  33
  34 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  35
  36
  37 my ( $options, $in, $out, $record, $search, $replace, $keys, $key );
  38
  39 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  40     [
  41         { long => 'search',      short => 's', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  42         { long => 'replace',     short => 'r', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  43         { long => 'global',      short => 'g', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44         { long => 'ignore_case', short => 'i', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  45         { long => 'keys',        short => 'k', type => 'list',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  46     ]
  47 );
  48
  49 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  50 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  51
  52 $search  = $options->{ "search" };
  53 $replace = $options->{ "replace" };
  54
  55 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  56 {
  57     $keys = $options->{ "keys" } || [ keys %{ $record } ];
  58
  59     foreach $key (@{ $keys })
  60     {
  61         if ( $options->{ 'global' } and $options->{ 'ignore_case' } ) {
  62             $record->{ $key } =~ s/$search/$replace/gi;
  63         } elsif ( $options->{ 'global' } ) {
  64             $record->{ $key } =~ s/$search/$replace/g;
  65         } elsif ( $options->{ 'ignore_case' } ) {
  66             $record->{ $key } =~ s/$search/$replace/i;
  67         } else {
  68             $record->{ $key } =~ s/$search/$replace/;
  69         }
  70     }
  71
  72     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  73 }
  74
  75 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  76 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  77
  78
  79 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  80
  81
  82 BEGIN
  83 {
  84     Maasha::Biopieces::status_set();
  85 }
  86
  87
  88 END
  89 {
  90     Maasha::Biopieces::status_log();
  91 }
  92
  93
  94 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  95
  96
  97 __END__