bp_bin/split_vals

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Split the values of a key into new key/value pairs.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32
  33
  34 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  35
  36
  37 my ( $options, $in, $out, $record, @vals, $i );
  38
  39 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  40     [
  41         { long => 'key',     short => 'k', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  42         { long => 'keys',    short => 'K', type => 'list',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  43         { long => 'delimit', short => 'd', type => 'string', mandatory => 'no',  default => '_',   allowed => undef, disallowed => undef },
  44     ]
  45 );
  46
  47 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  48 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  49
  50 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  51 {
  52     if ( exists $options->{ 'key' } and exists $record->{ $options->{ 'key' } } )
  53     {
  54         @vals = split /$options->{ 'delimit' }/, $record->{ $options->{ 'key' } };
  55
  56         if ( scalar @vals > 1 )
  57         {
  58             for ( $i = 0; $i < @vals; $i++ )
  59             {
  60                 if ( defined $options->{ "keys" } and defined $options->{ "keys" }->[ $i ] ) {
  61                     $record->{ $options->{ "keys" }->[ $i ] } = $vals[ $i ];
  62                 } else {
  63                     $record->{ $options->{ 'key' } . "_$i" } = $vals[ $i ];
  64                 }
  65             }
  66         }
  67     }
  68
  69     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  70 }
  71
  72 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  73 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  74
  75
  76 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  77
  78
  79 BEGIN
  80 {
  81     Maasha::Biopieces::status_set();
  82 }
  83
  84
  85 END
  86 {
  87     Maasha::Biopieces::status_log();
  88 }
  89
  90
  91 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  92
  93
  94 __END__