bp_bin/split_seq

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Split sequences in the stream into subsequences.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32
  33
  34 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  35
  36
  37 my ( $options, $in, $out, $record, $new_record, $i, $step, $subseq, $subqual );
  38
  39 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  40     [
  41         { long => 'word_size', short => 'w', type => 'uint', mandatory => 'no', default => 7, allowed => undef, disallowed => 0 },
  42         { long => 'step_size', short => 's', type => 'uint', mandatory => 'no', default => 1, allowed => undef, disallowed => 0 },
  43     ]
  44 );
  45
  46 if ( $options->{ "step_size" } > $options->{ "word_size" } ) {
  47     Maasha::Common::error( qq(step_size > word_size: $options->{ "step_size" } > $options->{ "word_size" } ) );
  48 }
  49
  50 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  51 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  52
  53 $step = $options->{ "step_size" };
  54
  55 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  56 {
  57     if ( $record->{ "SEQ_NAME" } and $record->{ "SEQ" } )
  58     {
  59         for ( $i = 0; $i < length( $record->{ "SEQ" } ) - $options->{ "word_size" } + 1; $i += $step )
  60         {
  61             $subseq  = substr $record->{ "SEQ" }, $i, $options->{ "word_size" };
  62             $subqual = substr $record->{ "SCORES" }, $i, $options->{ "word_size" } if $record->{ "SCORES" };
  63
  64             $new_record->{ "SEQ_NAME" } = $record->{ "SEQ_NAME" } . "[" . ( $i + 1 ) . "-" . ( $i + $options->{ "word_size" } ) . "]";
  65             $new_record->{ "SEQ" }      = $subseq;
  66             $new_record->{ "SCORES" }   = $subqual if $record->{ "SCORES" };
  67             $new_record->{ "SEQ_LEN" }  = $options->{ "word_size" };
  68
  69             Maasha::Biopieces::put_record( $new_record, $out );
  70         }
  71     }
  72     else
  73     {
  74         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  75     }
  76 }
  77
  78 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  79 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  80
  81
  82 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  83
  84
  85 BEGIN
  86 {
  87     Maasha::Biopieces::status_set();
  88 }
  89
  90
  91 END
  92 {
  93     Maasha::Biopieces::status_log();
  94 }
  95
  96
  97 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  98
  99
 100 __END__