bp_bin/split_pair_seq

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2013 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Split joined pair-end sequences in the stream.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'maasha/seq'
  33 require 'pp'
  34
  35 options = Biopieces.options_parse(ARGV)
  36
  37 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  38   input.each_record do |record|
  39     if record[:SEQ_NAME] and record[:SEQ] and record[:SEQ_LEN_LEFT] and record[:SEQ_LEN_RIGHT]
  40       entry = Seq.new_bp(record)
  41
  42       len_left  = record[:SEQ_LEN_LEFT].to_i
  43       len_right = record[:SEQ_LEN_RIGHT].to_i
  44
  45       unless len_left + len_right == entry.length
  46         raise "SEQ_LEN_LEFT + SEQ_LEN_RIGHT != SEQ_LEN #{len_left} + #{len_right} != #{entry.length}"
  47       end
  48
  49       entry1 = entry[0 ... len_left]
  50       entry2 = entry[len_left .. -1]
  51
  52       if entry.seq_name =~ /^[^ ]+ \d:/
  53         entry2.seq_name.sub!(/ \d:/, " 2:")
  54       elsif entry.seq_name =~ /^.+\/\d$/
  55         entry2.seq_name[-1] = "2"
  56       else
  57         raise "Could not match sequence name: #{entry.seq_name}"
  58       end
  59
  60       output.puts entry1.to_bp
  61       output.puts entry2.to_bp
  62     else
  63       output.puts record
  64     end
  65   end
  66 end
  67
  68
  69 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  70
  71
  72 __END__