bp_bin/soap_seq

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Use soap to match short nucleotide sequences in the stream against a specified genome.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31 use Maasha::Common;
  32 use Maasha::Filesys;
  33 use Maasha::Fasta;
  34
  35
  36 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  37
  38
  39 my ( $options, $in, $out, $tmp_dir, $tmp_in, $tmp_out, $fh_out, $record, $entry, $count, $args, $line, @fields );
  40
  41 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  42     [
  43         { long => 'in_file',    short => 'i', type => 'file',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44         { long => 'genome',     short => 'g', type => 'genome', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  45         { long => 'seed_size',  short => 's', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => 10,    allowed => undef, disallowed => undef },
  46         { long => 'mismatches', short => 'm', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => 2,     allowed => undef, disallowed => undef },
  47         { long => 'gap_size',   short => 'G', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => 0,     allowed => undef, disallowed => undef },
  48         { long => 'cpus',       short => 'c', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => 1,     allowed => undef, disallowed => 0 },
  49     ]
  50 );
  51
  52 Maasha::Common::error( qq(both --in_file and --genome specified) ) if     $options->{ "genome" } and     $options->{ "in_file" };
  53 Maasha::Common::error( qq(no --in_file or --genome specified) )    if not $options->{ "genome" } and not $options->{ "in_file" };
  54
  55 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  56 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  57
  58 $options->{ "in_file" } = "$ENV{ 'BP_DATA' }/genomes/$options->{ 'genome' }/fasta/$options->{ 'genome' }.fna" if $options->{ 'genome' };
  59
  60 $tmp_dir = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
  61 $tmp_in  = "$tmp_dir/soap_query.seq";
  62 $tmp_out = "$tmp_dir/soap.result";
  63
  64 $fh_out = Maasha::Common::write_open( $tmp_in );
  65
  66 $count = 0;
  67
  68 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  69 {
  70     if ( $entry = Maasha::Fasta::biopiece2fasta( $record ) )
  71     {
  72         Maasha::Fasta::put_entry( $entry, $fh_out );
  73
  74         $count++;
  75     }
  76
  77     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  78 }
  79
  80 close $fh_out;
  81
  82 if ( $count > 0 )
  83 {
  84     $args = join( " ",
  85         "-s $options->{ 'seed_size' }",
  86         "-r 2",
  87         "-a $tmp_in",
  88         "-v $options->{ 'mismatches' }",
  89         "-g $options->{ 'gap_size' }",
  90         "-p $options->{ 'cpus' }",
  91         "-d $options->{ 'in_file' }",
  92         "-o $tmp_out",
  93     );
  94
  95     $args .= " > /dev/null 2>&1" if not $options->{ 'verbose' };
  96
  97     Maasha::Common::run( "soap", $args, 1 );
  98
  99     unlink $tmp_in;
 100
 101     $fh_out = Maasha::Filesys::file_read_open( $tmp_out );
 102
 103     undef $record;
 104
 105     while ( $line = <$fh_out> )
 106     {
 107         chomp $line;
 108
 109         @fields = split /\t/, $line;
 110
 111         $record->{ "REC_TYPE" }   = "SOAP";
 112         $record->{ "Q_ID" }       = $fields[ 0 ];
 113         $record->{ "SCORE" }      = $fields[ 3 ];
 114         $record->{ "STRAND" }     = $fields[ 6 ];
 115         $record->{ "S_ID" }       = $fields[ 7 ];
 116         $record->{ "S_BEG" }      = $fields[ 8 ] - 1; # soap is 1-based
 117         $record->{ "S_END" }      = $fields[ 8 ] + $fields[ 5 ] - 2;
 118
 119         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
 120     }
 121
 122     close $fh_out;
 123 }
 124
 125 unlink $tmp_out;
 126
 127 Maasha::Filesys::dir_remove( $tmp_dir );
 128
 129
 130 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 131
 132
 133 BEGIN
 134 {
 135     $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
 136
 137     Maasha::Biopieces::log_biopiece();
 138 }
 139
 140 END
 141 {
 142     Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 143     Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 144
 145     $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
 146
 147     Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
 148 }
 149
 150
 151 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 152
 153
 154 __END__
 155