bp_bin/slice_align

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Slice aligned sequences in the stream to obtain subsequences.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'maasha/fasta'
  33 require 'maasha/seq'
  34
  35 casts = []
  36 casts << {long: 'beg',            short: 'b', type: 'uint',   mandatory: false, default: nil, allowed: nil, disallowed: "0"}
  37 casts << {long: 'end',            short: 'e', type: 'uint',   mandatory: false, default: nil, allowed: nil, disallowed: "0"}
  38 casts << {long: 'forward',        short: 'f', type: 'string', mandatory: false, default: nil, allowed: nil, disallowed: nil}
  39 casts << {long: 'reverse',        short: 'r', type: 'string', mandatory: false, default: nil, allowed: nil, disallowed: nil}
  40 casts << {long: 'reverse_rc',     short: 'R', type: 'string', mandatory: false, default: nil, allowed: nil, disallowed: nil}
  41 casts << {long: 'template_file',  short: 't', type: 'file!',  mandatory: false, default: nil, allowed: nil, disallowed: nil}
  42 casts << {long: 'mismatches',     short: 'm', type: 'uint',   mandatory: false, default: 2,   allowed: nil, disallowed: nil}
  43 casts << {long: 'insertions',     short: 'i', type: 'uint',   mandatory: false, default: 1,   allowed: nil, disallowed: nil}
  44 casts << {long: 'deletions',      short: 'd', type: 'uint',   mandatory: false, default: 1,   allowed: nil, disallowed: nil}
  45
  46 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  47
  48 if options[:beg]
  49   raise "both --beg and --end must be speficied" unless options[:end]
  50   options[:beg] -= 1
  51   options[:end] -= 1
  52   raise "--beg (#{options[:beg]}) must be less than --end (#{options[:end]})" if options[:beg] > options[:end]
  53 elsif options[:forward]
  54   raise "both --forward and --reverse or --reverse_rc must be specified" unless options[:reverse] or options[:reverse_rc]
  55
  56   if options[:reverse_rc]
  57     options[:reverse] = Seq.new(seq: options[:reverse_rc], type: :dna).reverse.complement.seq
  58   end
  59 else
  60   raise "either --beg/--end or --forward/--reverse|--reverse_rc must be specified"
  61 end
  62
  63 if options[:template_file]
  64   template = Fasta.open(options[:template_file]).get_entry
  65 end
  66
  67 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  68   input.each_record do |record|
  69     if record[:SEQ]
  70       entry = Seq.new(seq: record[:SEQ])
  71
  72       unless options[:beg]
  73         compact = template ? template : Seq.new(seq: entry.seq.dup)
  74         compact.seq.delete! "-.~"
  75
  76         fmatch = compact.patmatch(options[:forward],
  77                                   max_mismatches: options[:mismatches],
  78                                   max_insertions: options[:insertions],
  79                                   max_deletions: options[:deletions])
  80
  81         raise "forward primer: #{options[:forward]} not found" if fmatch.nil?
  82
  83         rmatch = compact.patmatch(options[:reverse],
  84                                   max_mismatches: options[:mismatches],
  85                                   max_insertions: options[:insertions],
  86                                   max_deletions: options[:deletions])
  87
  88         raise "reverse primer: #{options[:reverse]} not found" if rmatch.nil?
  89
  90         mbeg = fmatch.pos
  91         mend = rmatch.pos + rmatch.length - 1
  92
  93         indels = Regexp.new(/-|\.|~/)
  94
  95         i = 0
  96
  97         while entry.seq[i]
  98           unless entry.seq[i].match indels
  99             if mbeg > 0
 100               mbeg -= 1
 101               mend -= 1
 102             else
 103               options[:beg] = i
 104               break
 105             end
 106           end
 107
 108           i += 1
 109         end
 110
 111         while entry.seq[i]
 112           unless entry.seq[i].match indels
 113             if mend > 0
 114               mend -= 1
 115             else
 116               options[:end] = i
 117               break
 118             end
 119           end
 120
 121           i += 1
 122         end
 123       end
 124
 125       record[:SEQ]     = entry[options[:beg] .. options[:end]].seq
 126       record[:SEQ_LEN] = record[:SEQ].length
 127     end
 128
 129     output.puts record
 130   end
 131 end
 132
 133
 134 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 135
 136
 137 __END__